1. Hi-C辅助组装原理 Hi-C技术实际分析的是基因组染色体上各位点间的互作概率。Lieberman-Aiden的文章中说明了基因组上互作概率的两个重要特征。如下图1所示：A）同一条染色体内的基因互作（顺式互作）远高于不同染色体间的互作（反式互作）。B）同一条染色体内部，两点间距离越远，互作概率越低。图1. 基因组...
Hi-C技术是一种高通量染色体构象捕获技术，它通过结合染色质区域捕获与高通量测序技术，用于研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系。这项技术能够量化三维空间中基因组的染色质间交联，解析全基因组互作模式，构建三维空间结构模型，构建全基因组互作图谱，辅助提升基因组组装，以及构建基因组单体型图谱。一...
Hi-C技术使用的是二代测序(与之一争长短的是结合三代测序的染色质构像捕获技术Pore-C,详情请戳:T2T 基因组2.0 — 基因组组装到达终点了吗?),原始测序数据(raw data)中包含了低质量序列和接头序列,为了保证分析结果的可靠性,我们可以使用fastp等软件对Hi-C原始测序数据进行过滤,得到FASTQ格式的clean data后进行后...
hi-c辅助基因组组装简介 hi-c一次建库可以获取全基因组范围内的染色质互作信息,从而去研究染色质三维结构的不同层级单元,。通过hi-c来研究染色质三维结构,是其主要应用场景。除此之外,hi-c数据还有一个应用领域,那就是可以用来辅助基因组组装。 在NGS不断发展的今天,测序组装得到一个物种的基因组草图是一个非常...
解锁基因组奥秘,Hi-C辅助组装带你探索未知领域,快来关注!, 视频播放量 198、弹幕量 0、点赞数 4、投硬币枚数 3、收藏人数 1、转发人数 0, 视频作者 菲沙基因, 作者简介 以生物信息学助推生命科学的研究,以基因组医学促进人类健康的发展;,相关视频:三维基因组学系列
图2. Hi-C技术辅助基因组组装流程 组装效果测试 为验证该方法，Joshua N Burton等人采用了人类，小鼠，...
表1. 组装数据量 结果如表2所示,单纯利用Hi-C技术将contigs分配成染色体的准确率可以达到98%。而排序的正确率可以达到94%。 表2. Hi-C辅助基因组组装结果评估 影响Hi-C组装的因素 研究者还进一步评估了不同基因组片段大小以及不同Hi-C测序数据量对Hi-C辅助基因组组装的影响。他们发现:基因组片段越大(即N50越...
Hi-C辅助组装实验流程 利用甲醛对样本进行交联,质检合格后使用限制性内切酶(如MboI等)进行酶切,酶切片段经生物素标记、平末端连接、DNA纯化提取,超声打断后钓取含有生物素的片段,进行建库测序。 随后,对原始下机数据进行质控,并将质控截取后的Clean reads与参考基因组比对,获得用于互作分析的Valid reads。由于Hi-C文...
Hi-C辅助基因组组装是指在已有二代或三代或光学图谱辅助组装的Draft genome序列和已知染色体数目的前提下,利用Hi-C测序数据将Draft genome序列进行染色体群组的划分,并确定各序列在染色体上的顺序和方向,使基因组组装组装水平提升到染色体水平的技术。具体实验技术流程如下图1. ...
Hi-C技术以整个细胞核为研究对象,来研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系,通过对染色质内全部DNA相互作用模式进行捕获,获得高分辨率的染色质三维结构信息。 应用方向? 目前基于Hi-C的主要应用可分成主要三个方向: ► 辅助基因组组装 ► 揭示基因组三维结构...