热图和注释的图例可以分别在Heatmap()函数的heatmap_legend_param参数和HeatmapAnnotation()函数的annotation_legend_param参数中进行设置 1. 连续型图例 连续型图例需要传递一个颜色映射函数,类似于热图及注释函数中的col参数,但是图例中的颜色映射函数中的break与显式的并不完全一样 例如 col_fun <- colorRamp2( ...
热图主体的图例可以通过heatmap_legend_param参数(Heatmap()中)调整,注释条的图例可以通过annatation_legend_param参数(HeatmapAnnotation()中)调整。 5.1 连续性变量的图例 library(ComplexHeatmap) ## 载入需要的程辑包:grid ## === ## ComplexHeatmap version 2.8.0 ## Bioconductor page: http://bioconductor...
所有的图例都可以通过Legend()函数画出,都属于Legend类。热图主体的图例可以通过heatmap_legend_param参数(Heatmap()中)调整,注释条的图例可以通过annatation_legend_param参数(HeatmapAnnotation()中)调整。 5.1 连续性变量的图例 library(ComplexHeatmap) ## 载入需要的程辑包:grid ## ===## ComplexHeatmap vers...
所有的图例都可以通过Legend()函数画出,都属于Legend类。热图主体的图例可以通过heatmap_legend_param参数(Heatmap()中)调整,注释条的图例可以通过annatation_legend_param参数(HeatmapAnnotation()中)调整。 5.1 连续性变量的图例 library(ComplexHeatmap) 1. ## 载入需要的程辑包:grid 1. ## === ## ComplexH...
heatmap_legend_param=heatmap_legend_param) 2.2 简单的调整 oncoPrint(mat, alter_fun=alter_fun,col=col, column_title=column_title, remove_empty_columns=TRUE,#去掉空列 remove_empty_rows=TRUE,#去掉空行 row_names_side="left",#基因在...
heatmap_legend_param=list(title="Pearson_correlation",title_position="leftcenter-rot",at=c(0,0.2,1.2),labels=c("A","B","C"))#the parameters of legendsplit=c(c(3,3,3),c(4,4)),#沿行进行分割。对于此例来说,数据一共五行,在第三行与第四行之间进行分割,注意变量的写法 ...
heatmap_legend_param = heatmap_legend_param) #对行显示位置进行调整 oncoPrint(mat, alter_fun = alter_fun, col = col, remove_empty_columns =TRUE, remove_empty_rows =TRUE, pct_side ="right", row_names_side ="left", column...
heatmap_legend_param = heatmap_legend_param, remove_empty_columns = T, remove_empty_rows = T, bottom_annotation = columnanno )## All mutation types: Multi_Hit, Missense_Mutation, Nonsense_Mutation,## Frame_Shift_Del, Splice_Site, Frame_Shift_Ins, Nonstop_Mutation,## In_Frame_Del, In...
热图和注释的图例可以由Heatmap()中的heatmap_legend_param参数或HeatmapAnnotation()中的annotation_legend_param参数控制。函数Legend()中的大部分参数都可以直接设置在参数名称相同的两个参数中。设置热图图例和注释图例参数的详细信息在第5.4节中介绍。
Heatmap(mat, heatmap_legend_param = list(title = "legend")) 你可以设定热图的行与列标题,行与列图形参数分别通过row_title_gp和column_title_gp选项指定,使用gpar()函数进行具体的设置。 Heatmap(mat, name = "foo", column_title = "X",row_title = "Y") ...