热图和注释的图例可以分别在Heatmap()函数的heatmap_legend_param参数和HeatmapAnnotation()函数的annotation_legend_param参数中进行设置 1. 连续型图例 连续型图例需要传递一个颜色映射函数,类似于热图及注释函数中的col参数,但是图例中的颜色映射函数中的break与显式的并不完全一样 例如 col_fun <- colorRamp2( ...
热图主体的图例可以通过heatmap_legend_param参数(Heatmap()中)调整,注释条的图例可以通过annatation_legend_param参数(HeatmapAnnotation()中)调整。 5.1 连续性变量的图例 library(ComplexHeatmap) ## 载入需要的程辑包:grid ## === ## ComplexHeatmap version 2.8.0 ## Bioconductor page: http://bioconductor...
所有的图例都可以通过Legend()函数画出,都属于Legend类。热图主体的图例可以通过heatmap_legend_param参数(Heatmap()中)调整,注释条的图例可以通过annatation_legend_param参数(HeatmapAnnotation()中)调整。 5.1 连续性变量的图例 library(ComplexHeatmap) ## 载入需要的程辑包:grid ## ===## ComplexHeatmap vers...
heatmap_legend_param=heatmap_legend_param) 2.2 简单的调整 oncoPrint(mat, alter_fun=alter_fun,col=col, column_title=column_title, remove_empty_columns=TRUE,#去掉空列 remove_empty_rows=TRUE,#去掉空行 row_names_side="left",#基因在...
heatmap_legend_param = heatmap_legend_param, remove_empty_columns = T, remove_empty_rows = T, bottom_annotation = columnanno )## All mutation types: Frame_Shift_Del, Missense_Mutation, Splice_Site,## Nonsense_Mutation, Frame_Shift_Ins, In_Frame_Del, In_Frame_Ins,## Nonstop_Mutation...
heatmap_legend_param=list(title="Pearson_correlation",title_position="leftcenter-rot",at=c(0,0.2,1.2),labels=c("A","B","C"))#the parameters of legendsplit=c(c(3,3,3),c(4,4)),#沿行进行分割。对于此例来说,数据一共五行,在第三行与第四行之间进行分割,注意变量的写法 ...
pct_side="right",heatmap_legend_param=heatmap_legend_param) 三 添加注释 3.1 添加临床注释信息 代码语言:javascript 复制 pdata<-clihead(pdata) 代码语言:javascript 复制 #对应患者 pdata<-subset(pdata,pdata$sampleID%in%colnames(mat))mat<-mat[,pdata$sampleID]#定义注释信息 ...
heatmap_legend_param = heatmap_legend_param) #对行显示位置进行调整 oncoPrint(mat, alter_fun = alter_fun, col = col, remove_empty_columns =TRUE, remove_empty_rows =TRUE, pct_side ="right", row_names_side ="left", column...
后面介绍的参数可以直接通过Heatmap()中的参数heatmap_legend_param和 自定义图例HeatmapAnnotation()中的参数annotation_legend_param(5.4节介绍 )。在以下示例中看到这些参数如何改变图例的样式后效果依然很好。以下是一个简单的示例,展示了如何在热图和热图注释中配置图例。
heatmap_legend_param = list(title = "Scaled expr")) + Heatmap(base_mean, name = "base_expr", width = unit(5, "mm"), heatmap_legend_param = list(title = "Base expr")) + Heatmap(rpl + 0, name = "ribonucleoprotein", col = c("0" = "white", "1" = "purple"), ...