热图主体的图例可以通过heatmap_legend_param参数(Heatmap()中)调整,注释条的图例可以通过annatation_legend_param参数(HeatmapAnnotation()中)调整。 5.1 连续性变量的图例 library(ComplexHeatmap) ## 载入需要的程辑包:grid ## === ## ComplexHeatmap version 2.8.0 ## Bioconductor page: http://bioconductor...
所有图例都是通过Legend()函数来构造的,不论是单个图例,还是多个图例都属于Legends类 热图和注释的图例可以分别在Heatmap()函数的heatmap_legend_param参数和HeatmapAnnotation()函数的annotation_legend_param参数中进行设置 1. 连续型图例 连续型图例需要传递一个颜色映射函数,类似于热图及注释函数中的col参数,但是图例...
所有的图例都可以通过Legend()函数画出,都属于Legend类。热图主体的图例可以通过heatmap_legend_param参数(Heatmap()中)调整,注释条的图例可以通过annatation_legend_param参数(HeatmapAnnotation()中)调整。 5.1 连续性变量的图例 library(ComplexHeatmap) ## 载入需要的程辑包:grid ## ===## ComplexHeatmap vers...
所有的图例都可以通过Legend()函数画出,都属于Legend类。热图主体的图例可以通过heatmap_legend_param参数(Heatmap()中)调整,注释条的图例可以通过annatation_legend_param参数(HeatmapAnnotation()中)调整。 5.1 连续性变量的图例 library(ComplexHeatmap) 1. ## 载入需要的程辑包:grid 1. ## === ## ComplexH...
heatmap_legend_param=heatmap_legend_param) 2.2 简单的调整 oncoPrint(mat, alter_fun=alter_fun,col=col, column_title=column_title, remove_empty_columns=TRUE,#去掉空列 remove_empty_rows=TRUE,#去掉空行 row_names_side="left",#基因在...
show_heatmap_legend=T,#show legend or not heatmap_legend_param=list(title="Pearson_correlation",title_position="leftcenter-rot",at=c(0,0.2,1.2),labels=c("A","B","C"))#the parameters of legendsplit=c(c(3,3,3),c(4,4)),#沿行进行分割。对于此例来说,数据一共五行,在第三行与第...
后面介绍的参数可以直接通过Heatmap()中的参数heatmap_legend_param和 自定义图例HeatmapAnnotation()中的参数annotation_legend_param(5.4节介绍 )。在以下示例中看到这些参数如何改变图例的样式后效果依然很好。以下是一个简单的示例,展示了如何在热图和热图注释中配置图例。
Heatmap(mat, heatmap_legend_param = list(title = "legend")) 你可以设定热图的行与列标题,行与列图形参数分别通过row_title_gp和column_title_gp选项指定,使用gpar()函数进行具体的设置。 Heatmap(mat, name = "foo", column_title = "X",row_title = "Y") ...
heatmap_legend_param = list(title = "Log2 relative abundance"), #设置热图图例名称 col = c("#FFFFFF", "#D32F2F")) #设置热图颜色 1. 2. 3. 4. 5. 05 添加行分组注释和列分组注释。 #生成列分组注释 top_col <- c("Normal"="#2196F3", "Obese"="#FFEB3B", "NASH"="#E91E63") ...
Heatmap(mat, name = "legend") 图里标题可以通过heatmap_legend_param()进行修改 Heatmap(mat, heatmap_legend_param = list(title="legend")) 行列标题 Heatmap(mat, name = "legend", column_title = "Column", row_title = "Row") Heatmap(mat, name = "legend", column_title = "Column", ...