GWAMA:GWAS meta-analysis的又一利器 meta-analysis对多个独立研究的成果进行综合评估,该技术在医学,心理学等领域早已广泛使用。虽然该技术的理论基础早已成熟,但是在GWAS分析领域,还是有很多困难需要去克服 GWAS分析SNP位点的数量很大,特别是基因型填充技术的出现,SNP位点数量达到了百万,千万的规模,对于软件而言,运行速度...
GWAS汇总数据的meta分析,是使用适当的权重将不同的GWAS整合到一起(可以是相同的疾病或者性状,也可以是几个有关联的疾病或者性状) 其在复杂遗传疾病和性状的gwas研究中日益成为重要的工具 R语言实现:metal软件 #准备好GWAS数据 #使用metal软件,执行GWAS的meta分析 snplist <- read.xlsx("./原文/1-s2.0-S016517812...
App GA-03 元分析 Meta-Analysis 基于GWAS多阶段研究或独立研究可采用荟萃分析进行统计量的综合,计算推导疾病关联的新位点。Meta方法的不同主要在于结合统计量和统计假设的不同。根据结合统计量的不同可将Meta分析方法主要分为三类:第一类的综合统计量为效应值,它适合于测量结果为连续数据的独立研究,目前主要应用于社...
GWAS Meta分析揭示肺动脉高压的遗传基础和潜在治疗标志物 大家好,今天分享一篇meta分析的文献:肺动脉高压的遗传决定因素:国际全基因组关联研究和meta分析 (Genetic determinants of risk in pulmonary arterial hypertension: international genome-wide association studies and meta-analysis),其揭示了肺动脉高压(Pulmonary A...
GWAS meta analysis应该翻译成整合分析,略区别于医学的荟萃分析。GWAS中的meta analysis,是将不同的GWAS整合在一起,减少群体分层的影响,提升了power。(还是不知道原理) 一般用的软件有:plink、GWAMA、METAL 关于Meta的在不同场景下的意思 Meta的字面意思:Meta means about the thing itself. It's seeing the thing...
MR-MEGA (Meta-Regression of Multi-Ethnic Genetic Association 多族裔遗传相关的荟萃回归) 是一款通过跨族裔荟萃回归来检测并精准定位复杂表型关联信号的工具。 该工具利用不同群体的全基因组概括性数据通过MDS方法推导遗传变异的轴。SNP等位的效应则根据其标准差的大小进行加权,加权后的效应就可以纳入线性回归的框架中...
meta分析后会生成两个文件,分别是 METAANALYSIS1.TBL 和 METAANALYSIS1.TBL.info METAANALYSIS1.TBL是meta分析的结果文档; 内容如下: P-value即为meta后的关联分析P值; METAANALYSIS1.TBL.info是meta分析的说明文档,比如Marker指的是什么。 其内容如下:...
meta-analysis, 称之为元分析,或者荟萃分析,早在1976年就提出了这个概念,其分析对象是已有的研究成果,用来对先前研究进行综合评价和定量合并,在多个领域都有其应用。在生命科学领域,包括基因组,转录组,蛋白质组等多组组学研究i领域,都有meta分析的用武之地,而GWAS的meta 分析就是meta分析在基因组领域的最经典应用...
Table S2. GWAS meta-analysis results, European Ancestry, ACD 软件实现【2】: 1. 下载原始数据 我们需要vcf格式的文件 2. vcf文件解析:PLINK 使用PLINK软件中的VCF解析器,如vcftools或bcftools,将VCF文件转换为BOLT-LMM所需的格式 3. 运行单个GWAS分析:BOLT-LMM ...