【1】Willer CJ, Li Y, Abecasis GR. METAL: fast and efficient meta-analysis of genomewide association scans. Bioinformatics. 2010;26(17):2190-2191. doi:10.1093/bioinformatics/btq340 【2】R包功能更新: 一键实现GWAS数据META分析【METAL方法】 (qq.com)...
GWAMA:GWAS meta-analysis的又一利器 meta-analysis对多个独立研究的成果进行综合评估,该技术在医学,心理学等领域早已广泛使用。虽然该技术的理论基础早已成熟,但是在GWAS分析领域,还是有很多困难需要去克服 GWAS分析SNP位点的数量很大,特别是基因型填充技术的出现,SNP位点数量达到了百万,千万的规模,对于软件而言,运行速度...
进行meta分析,meta分析后会生成两个文件,分别是METAANALYSIS1.TBL和 METAANALYSIS1.TBL.info 其中METAANALYSIS1.TBL 是meta分析的结果文档; 我们一般主要专注meta分析后的pvalue。 METAANALYSIS1.TBL.info文件主要是对METAANALYSIS1.TBL的注释,感兴趣的可以仔细阅读。 好啦,meta分析到这就结束了,关注小果,小果带你学...
metal metal.txt 进行meta分析,meta分析后会生成两个文件,分别是METAANALYSIS1.TBL和http://METAANALYSIS1.TBL.info 其中METAANALYSIS1.TBL 是meta分析的结果文档; 咱们一般主要专注meta分析后的pvalue。 http://METAANALYSIS1.TBL.info文件主要是对METAANALYSIS1.TBL的注释,感兴趣的可以仔细阅读。 好啦,meta分析到...
# --meta-analysis-snp-field 指的是输入文件SNP列用SNP表示; 输入文件gwas1.plink文件如下所示: 输出结果如下所示: 其中,不同列所代表的意思如下: CHR Chromosome code. BP Base-pair coordinate. SNP Variant identifier A1 Allele 1. A2 Allele 2. ...
bp-fieldBP--meta-analysis-a1-fieldA1--meta-analysis-a2-fieldA2--meta-analysis-se-fieldSE --out allqt# logscale,指的是输入文件(比如gwas1.plink)的效应值是beta,而非OR;# qt 指的是输出结果的效应值用beta展示(默认输出效应值用OR表示);# --meta-analysis-snp-field 指的是输入文件SNP列用SNP...
1. Styrkarsdottir, U., Lund, S.H., Thorleifsson, G., Zink, F., Stefansson, O.A., Sigurdsson, J.K., Juliusson, K., Bjarnadottir, K., Sigurbjornsdottir, S., Jonsson, S., et al. (2018). Meta-analysis of Icelandic and UK data sets identifies missense variants in SMO, IL11...
GWAS meta analysis应该翻译成整合分析,略区别于医学的荟萃分析。GWAS中的meta analysis,是将不同的GWAS整合在一起,减少群体分层的影响,提升了power。(还是不知道原理) 一般用的软件有:plink、GWAMA、METAL 关于Meta的在不同场景下的意思 Meta的字面意思:Meta means about the thing itself. It's seeing the thing...
鉴于这个情况,最直接的解决方案就是合并多个GWAS项目的结果,来达到增加样本量的目的。多个数据集的合并分析,正是meta分析大展身手的时候。 meta-analysis, 称之为元分析,或者荟萃分析,早在1976年就提出了这个概念,其分析对象是已有的研究成果,用来对先前研究进行综合评价和定量合并,在多个领域都有其应用。在生命科学...
field BP--meta-analysis-a1-field A1--meta-analysis-a2-field A2--meta-analysis-se-field SE--outallqt# logscale,指的是输入文件(比如gwas1.plink)的效应值是beta,而非OR;# qt 指的是输出结果的效应值用beta展示(默认输出效应值用OR表示);# --meta-analysis-snp-field 指的是输入文件SNP列用SNP...