Meta-analysis是对多个GWAS分析结果进行综合评价。METAL是GWAS meta分析最常用的工具之一,说明文档见:METAL_Documentation 该软件的安装非常简单,直接下载编译好的二进制文件即可,安装过程如下: wget http://csg.sph.umich.edu/abecasis/metal/download/Linux-metal.tar.gz tar xzvf Linux-metal.tar.gz cd generic-met...
METAL是GWAS meta分析最常用的工具之一,说明文档见:https://genome.sph./wiki/METAL_Documentation 该软件的安装非常简单,直接下载编译好的二进制文件即可,安装过程如下: wgethttp://csg.sph./abecasis/metal/download/Linux-metal.tar.gz tarxzvf Linux-metal.tar.gz cdgeneric-metal/ 在安装目录,有一个名为metal...
在安装目录,有一个名为metal的可执行文件,该程序用法很简单,只需要编写一个配置文件,然后执行即可,所以关键在于配置文件的编写。在软件的安装目录,有一个名为example的文件夹,提供了两个示例,其中的metal.txt就是配置文件。 meta-analysis是对多个gwas分析结果进行综合评价,该软件支持以下两种meta分析的算法 pvalue s...
GWAS汇总数据的meta分析,是使用适当的权重将不同的GWAS整合到一起(可以是相同的疾病或者性状,也可以是几个有关联的疾病或者性状) 其在复杂遗传疾病和性状的gwas研究中日益成为重要的工具 R语言实现:metal软件 #准备好GWAS数据 #使用metal软件,执行GWAS的meta分析 snplist <- read.xlsx("./原文/1-s2.0-S016517812...
metal metal.txt 进行meta分析,meta分析后会生成两个文件,分别是METAANALYSIS1.TBL和 METAANALYSIS1.TBL.info 其中METAANALYSIS1.TBL 是meta分析的结果文档; 我们一般主要专注meta分析后的pvalue。 METAANALYSIS1.TBL.info文件主要是对METAANALYSIS1.TBL的注释,感兴趣的可以仔细阅读。
解压软件: tar -zxvf Linux-metal.tar.gz 分析的文件来源于metal的示例数据,解压后的文件夹中包含两个示例文件,咱使用./generic-metal/examples/GlucoseExample下的数据进行演示 示例文件中运行meta分析的文档分别为DGI_three_regions.txt和magic_SARDINIA.tbl, ...
2.如何做meta分析 这里推荐metal软件做meta分析，理由是简单、易上手。2.1 下载metal 进入下载链接 met...
随后画出PC1和PC2在不同群体的散点图,观察群体之间是否明显分开,如果明显分开,说明群体分层了,需要独立做关联分析,最后再做meta分析 2.如何做meta分析 这里推荐metal软件做meta分析,理由是简单、易上手。 2.1 下载metal 进入下载链接 metal 提供了三个版本的,分别是Linux,macOS, Windows系统;请自行选择。
2.如何做meta分析 这里推荐metal软件做meta分析,理由是简单、易上手。 2.1 下载metal 进入下载链接 metal 提供了三个版本的,分别是Linux,macOS, Windows系统;请自行选择。 这里提供Linux系统的命令: wget http://csg.sph.umich.edu/abecasis/metal/download/Linux-metal.tar.gz ...
随后画出PC1和PC2在不同群体的散点图,观察群体之间是否明显分开,如果明显分开,说明群体分层了,需要独立做关联分析,最后再做meta分析 2.如何做meta分析 这里推荐metal软件做meta分析,理由是简单、易上手。 2.1 下载metal 进入下载链接 metal 提供了三个版本的,分别是Linux,macOS, Windows系统;请自行选择。