所有分析均按祖先分层,然后进行荟萃分析。x染色体变异另外按性别分层,男性受试者的剂量值编码为0/2。 特定研究结果集中上传,并在使用EasyQC软件包进行meta分析之前对所有个体研究进行质量控制β或标准误差值>5或imputation值<0.3的变异被排除在分析之外。对所有单核苷酸多态性(SNPs)计算的估计次要等位基因计数是等位基因...
对GWAS结果的meta分析显示共有333个独立基因与至少一种药物表型相关(74个与高脂血症、181个与高血压相关、78个与T2D)(表格过大这里不做展示)。 药物总购买量置信区间(CS) 共有450个CS与药物总购买量相关,其中包括治疗高脂血症(83个位点,137个CS)、高血压(145个位点,221个CS)和T2D(77个位点,92个CS)(图 ...
这些基因组膨胀因子估计方法可以帮助我们更准确地解读GWAS Meta分析结果,提高对位点-表型关联性的判断能力,并减少假阳性结果。 文章继续探讨了基因组膨胀因子计算对GWAS Meta分析结果的影响,以及在GWAS Meta中进行基因组膨胀因子计算的重要性和必要性。 3. 基因组膨胀因子计算对GWAS Meta的影响: 3.1 基因组膨胀因子的...
很简单的一个命令行就搞定了 metal metal.txt 2.5 结果解读 meta分析后会生成两个文件,分别是 METAANALYSIS1.TBL 和 METAANALYSIS1.TBL.info METAANALYSIS1.TBL是meta分析的结果文档; 内容如下: P-value即为meta后的关联分析P值; METAANALYSIS1.TBL.info是meta分析的说明文档,比如Marker指的是什么。 其内容如下...
2.4 meta分析 很简单的一个命令行就搞定了 metal metal.txt 2.5 结果解读 meta分析后会生成两个文件,分别是 METAANALYSIS1.TBL 和 METAANALYSIS1.TBL.info METAANALYSIS1.TBL是meta分析的结果文档; 内容如下: P-value即为meta后的关联分析P值; METAANALYSIS1.TBL.info是meta分析的说明文档,比如Marker指的是什么...
首先，该团队对多达826690个体（177517 名骨关节炎患者）进行GWAS meta分析，共定义包含骨关节炎几乎所有患病部位的11种表型，并鉴定11897个全基因组显着相关的单核苷酸变异（single nucleotide variants, SNVs）。通过条件分析来确定在疾病表型定义中不重叠的关联，100个独立的变异关联中有52种是先前未知的与任何骨...
Meta分析的结果使用森林图进行可视化展示很常见,其实COX生存分析也能用森林图展示. 之前分享过绘制KM曲线R|生存分析(1),诺莫图展示COX结果Nomogram(诺莫图) | Logistic.Cox生存分析结果可视化,本文将简单的介绍如何使用R-survminer包绘制Cox生GWAS初探 原理GWAS 的主要方法学依据是归纳法中的共变法,是探究复杂因果关系...
Table S2. GWAS meta-analysis results, European Ancestry, ACD 软件实现【2】: 1. 下载原始数据 我们需要vcf格式的文件 2. vcf文件解析:PLINK 使用PLINK软件中的VCF解析器,如vcftools或bcftools,将VCF文件转换为BOLT-LMM所需的格式 3. 运行单个GWAS分析:BOLT-LMM ...
通常由两个分析师独立进行 (4)Meta-analysis QC (步骤29-32) 包括检查 meta分析结果,比较两个不同分析师的meta分析,以及meta分析结果的质量控制 软件: 统计软件 R (http://cran.r-project.org/) - R包EasyQC(http://www.genepi-regensburg.de/easyqc/); ...