进行meta分析,meta分析后会生成两个文件,分别是METAANALYSIS1.TBL和 METAANALYSIS1.TBL.info 其中METAANALYSIS1.TBL 是meta分析的结果文档; 我们一般主要专注meta分析后的pvalue。 METAANALYSIS1.TBL.info文件主要是对METAANALYSIS1.TBL的注释,感兴趣的可以仔细阅读。 好啦,meta分析到这就结束了,关注小果,小果带你学...
典型的 genome-wide association meta-analyses (GWAMAs) 包括四个主要阶段 (1)File-level QC(步骤7-18) 包括清理档案(例如:列标题的调整、文件格式的改变、基于某些 SNP 的排除 标准,或添加列)和文件检查(例如检查文件的整体特征 或 SNP 排除的数量) 通常以迭代的方式 通过meta分析团队分析师研究的文件。通过 ...
metal metal.txt 进行meta分析,meta分析后会生成两个文件,分别是METAANALYSIS1.TBL和http://METAANALYSIS1.TBL.info 其中METAANALYSIS1.TBL 是meta分析的结果文档; 咱们一般主要专注meta分析后的pvalue。 http://METAANALYSIS1.TBL.info文件主要是对METAANALYSIS1.TBL的注释,感兴趣的可以仔细阅读。 好啦,meta分析到...
补充图25生物样本库与主要GWAS 、焦点GWAS 和GGE 相结合的荟萃分析的曼哈顿图 文章小结 本研究是一项多血统全基因组关联研究,通过这些大样本量的GWAS与Meta分析。近年来,加入GWAS数据的Meta分析,对不同来源的GWAS进行Meta合并,以及加入MR的Meta分析,对不同数据的MR结果进行Meta合并这类SCI影响因子普遍还都是挺高的。
GWAS:plink进行meta分析 之前教程提到过Metal是可以做Meta分析,除了Metal,PLINK也可以进行Meta分析。 命令如下所示: plink--meta-analysis gwas1.plink gwas2.plink gwas3.plink + logscale qt --meta-analysis-snp-fieldSNP --meta-analysis-chr-fieldCHR --meta-analysis-bp-fieldBP--meta-analysis-a1-field...
群体分层是GWAS研究中一个比较常见的假阳性来源. 也就是说,如果数据存在群体分层,却不加以控制,那么很容易得到一堆假阳性位点。 当群体出现分层时,常规手段就是将分层的群体独立分析,最后再做meta分析。 1.如何判断群体是否分层 先用plink计算PCA,具体方法详见链接:GWAS群体分层 (Population stratification):利用plink...
首先，该团队对多达826690个体（177517 名骨关节炎患者）进行GWAS meta分析，共定义包含骨关节炎几乎所有患病部位的11种表型，并鉴定11897个全基因组显着相关的单核苷酸变异（single nucleotide variants, SNVs）。通过条件分析来确定在疾病表型定义中不重叠的关联，100个独立的变异关联中有52种是先前未知的与任何骨...
首先,该团队对多达826690个体(177517 名骨关节炎患者)进行GWAS meta分析,共定义包含骨关节炎几乎所有患病部位的11种表型,并鉴定11897个全基因组显着相关的单核苷酸变异(single nucleotide variants, SNVs)。通过条件分析来确定在疾病表型定义中不重叠的关联,100个独立的变异关联中有52种是先前未知的与任何骨关节炎表...
以下是GWAS meta分析的基本流程: 1.数据收集: 确定研究问题和纳入标准。 检索相关的GWAS研究。 收集每个研究的基因型数据和表型数据。 2.数据预处理: 检查数据质量,包括缺失值、异常值等。 对基因型数据进行编码和标准化处理。 对表型数据进行分类或连续化处理。 3.统计分析: 计算每个SNP(Single nucleotide polymorp...
meta分析有多种算法,比如基于pvalue, 基于排序,基于效果量等各种算法,每种算法各有优劣。时至今日,相关的工具和软件也很多,对于GWAS的meta分析而言,METAL, PLINK, MetaSoft等软件都可以实现对应的功能, 在整合多个数据集的分析结果时,我们需要考虑到不同数据集之间的差异,也称之为数据集的异质性,常用的有以下两种...