GTDB-Tk是一个软件工具包,用于根据基因组数据库分类法GTDB为细菌和古细菌基因组分配客观的分类法。它旨在与最近的进展一起使用,从而可以直接对环境样本中获得数百或数千个由基因组组装的基因组(MAG)进行物种分类注释。它也可以用于分离和单细胞的基因组物种注释。 本次测试版本为 GTDB-Tk v1.3.0,于2020年7月17...
GTDB-Tk is described in: Chaumeil PA, et al. 2022.GTDB-Tk v2: memory friendly classification with the Genome Taxonomy Database.Bioinformatics, btac672. Chaumeil PA, et al. 2019.GTDB-Tk: A toolkit to classify genomes with the Genome Taxonomy Database.Bioinformatics, btz848. ...
GTDB：基因组分类数据库，物种注释和进化树构建工具GTDB-tk
内容提示: Genome analysisGTDB-Tk: a toolkit to classify genomes with theGenome Taxonomy DatabasePierre-Alain Chaumeil*, Aaron J. Mussig , Philip Hugenholtz andDonovan H. Parks*Australian Centre for Ecogenomics, School of Chemistry and Molecular Biosciences, The University of Queensland, St Lucia,...
(Bacteria/Archaea):这个分类专注于讨论与GTDB分类法相关的内容。用户在这里讨论分类法的具体细节、与其他数据库(如NCBI)的比较、分类标准的更新等。 GTDB-Tk:专注于GTDB-Tk工具包的使用和讨论。用户可以在这里提出关于GTDB-Tk的使用问题、分享使用经验、讨论工具包的功能和性能等。
GTDB-Tk:https://github.com/ecogenomics/gtdbtk Bioconda:https://ecogenomics.github.io/GTDBTk/installing/bioconda.html 官网:https://gtdb.ecogenomic.org/ 新版安装 # 最新版 conda create -n gtdbtk-2.3.2 -c conda-forge -c bioconda gtdbtk=2.3.2 ...
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GTDB-Tk v2.4.0+ includes the following new features: 📈 Performance Using ANI screen "can" reduce computation by >50%, although it depends on the set of input genomes. A set of input genomes consisting primarily of new species will not benefit from ANI screen as much as a set of geno...