https://ecogenomics.github.io/GTDBTk/ReferencesGTDB-Tk is described in:Chaumeil PA, et al. 2019. GTDB-Tk: A toolkit to classify genomes with the Genome Taxonomy Database. Bioinformatics, btz848.The Genome Taxonomy Database (GTDB) is described in:...
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@@ -37,8 +37,8 @@ Documentation for GTDB-Tk can be found [here](https://ecogenomics.github.io/GTDB 37 37 38 38 ## ✨ New Features 39 39 40 - GTDB-Tk v2.3.0+ includes the following new features: 41 - - New functionality ``convert_to_species`` function to convert GTDB...
from gtdbtk.biolib_lite.exceptions import * class TestOptionsParser(unittest.TestCase): 0 comments on commit 3b8a6f8 Please sign in to comment. Footer © 2024 GitHub, Inc. Footer navigation Terms Privacy Security Status Docs Contact Manage cookies Do not share my personal information ...
GTDB-Tk:https://github.com/ecogenomics/gtdbtk Bioconda:https://ecogenomics.github.io/GTDBTk/installing/bioconda.html 官网:https://gtdb.ecogenomic.org/ 新版安装 # 最新版 conda create -n gtdbtk-2.3.2 -c conda-forge -c bioconda gtdbtk=2.3.2 ...
1Branch0Tags Code README GPL-3.0 license GTDB-Tk Modified by the author (jansuechao@gamil.com) according to bugs and suggestions from the original GitHub website. The pplacer memory issue is solved by specify a specific cpu values for pplacer to use (https://github.com/Ecogenomics/GTDBTk/...
点击跳转官网GTDBgithub点击跳转微生物所国内数据库备份站点:点击跳转 用gtdbtk工具会抽提出来不同基因组的120个mark基因,并将这些基因转化为蛋白序列,并对齐,这就是我们构建全基因组进化树的原理。 单独构建gtdbtk-1.3版本的环境 工具安装指南:点击...
Github: https://github.com/Ecogenomics/GTDBTk GTDB-Tk是一个软件工具包,用于根据基因组数据库分类法GTDB为细菌和古细菌基因组分配客观的分类法。它旨在与最近的进展一起使用,从而可以直接对环境样本中获得数百或数千个由基因组组装的基因组(MAG)进行物种分类注释。它也可以用于分离和单细胞的基因组物种注释。 本...
点击跳转官网GTDBgithub点击跳转微生物所国内数据库备份站点:点击跳转 用gtdbtk工具会抽提出来不同基因组的120个mark基因,并将这些基因转化为蛋白序列,并对齐,这就是我们构建全基因组进化树的原理。 单独构建gtdbtk-1.3版本的环境 工具安装指南:点击跳转 使用gtdbtk最重要的还是数据库和工具匹配,这里1.3版本的工具匹配95...
点击跳转官网GTDBgithub点击跳转微生物所国内数据库备份站点:点击跳转 用gtdbtk工具会抽提出来不同基因组的120个mark基因,并将这些基因转化为蛋白序列,并对齐,这就是我们构建全基因组进化树的原理。 单独构建gtdbtk-1.3版本的环境 工具安装指南:点击跳转 使用gtdbtk最重要的还是数据库和工具匹配,这里1.3版本的工具匹配95...