软件和数据库安装 Github: https://github.com/Ecogenomics/GTDBTk GTDB-Tk是一个软件工具包,用于根据基因组数据库分类法GTDB为细菌和古细菌基因组分配客观的分类法。它旨在与最近的进展一起使用,从而可以直接对环境样本中获得数百或数千个由基因组组装的基因组(MAG)进行物种分类注释。它也可以用于分离和单细胞的基...
使用gtdbtk最重要的还是数据库和工具匹配,这里1.3版本的工具匹配95的数据库。到2021年10月25日,更新了R202数据库,这个使用1.3版本是没办法工作的。具体的工具和数据库匹配关系如下: conda create -n gtdbtk-1.3.0 -c conda-forge -c bioconda gtdbtk=1.3.0 下载数据库,这里使用的微生物所的备份数据库,这里的更...
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点击跳转官网GTDBgithub点击跳转微生物所国内数据库备份站点:点击跳转 用gtdbtk工具会抽提出来不同基因组的120个mark基因,并将这些基因转化为蛋白序列,并对齐,这就是我们构建全基因组进化树的原理。 单独构建gtdbtk-1.3版本的环境 工具安装指南:点击跳转 使用gtdbtk最重要的还是数据库和工具匹配,这里1.3版本的工具匹配95...
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