执行RMSD分析的常用命令为: 数据结果记录在“rmsd.xvg”文件中,上述命令还通过“-tu”指定时间单位为“ns”,可以减少数据量,如果不指定,默认为“ps”; RMSD为相较于参考分子的变化值,一般参考分子为初始状态的构象,即轨迹的第一帧,也可根据需要进行调整。RMSD值越大,表明目标分子偏离参考分子的程度越大。此外,由...
数据结果记录在“rmsd.xvg”文件中,上述命令还通过“-tu”指定时间单位为“ns”,可以减少数据量,如果不指定,默认为“ps”; RMSD为相较于参考分子的变化值,一般参考分子为初始状态的构象,即轨迹的第一帧,也可根据需要进行调整。RMSD值越大,表明目标分子偏离参考分子的程度越大。此外,由于氨基酸包含一些柔性基团,对...
温度因子（B-factor）是晶体学中的重要参数，反映了原子热运动造成的影响。在Gromacs中，可以通过RMSF计算得到B-factor。常用命令如下。蛋白质回旋半径（Radius of Gyration）是衡量体系质权平均半径的指标，用于评估分子的紧密程度。执行回旋半径分析的命令。径向分布函数（Radial Distribution Function）反映了指...
GROMACS是一个功能强大的分子动力学的模拟软件,我们在前面的推文中为大家分享了一些使用GROMACS运行分子动力学的教程,完成分子动力学之后,更重要的是结果分析。本期内容以蛋白-配体复合物的分子动力学结果为例为大家分享常用的结果分析方法。 1.周期性校正
执行RMSD分析的常用命令为: 数据结果记录在“rmsd.xvg”文件中,上述命令还通过“-tu”指定时间单位为“ns”,可以减少数据量,如果不指定,默认为“ps”; RMSD为相较于参考分子的变化值,一般参考分子为初始状态的构象,即轨迹的第一帧,也可根据需要进行调整。RMSD值越大,表明目标分子偏离参考分子的程度越大。此外,由...