然后编译 CP2K 和静态库。 make -j 32 ARCH=local VERSION="ssmp psmp" make -j 32 ARCH=local VERSION="ssmp psmp" libcp2k 这里也有人说直接执行第二行就可以,但我实测无法正常生成 cp2k.ssmp 和 cp2k.psmp,还得是按原始方法先编译一次,再生成库文件。 安装Gromacs 下载>= 2022 的 Gromacs 版本。
使用Gromacs结合CP2K生成产生相的tpr文件,并跑QM/MM/MD。 1–3与经典MD一致。 第4步中,所选QM区域原子范围,一般选择催化残基的侧链+底物。例如,PET降解酶的催化残基是SHD三联体,则将QM/MM的边界划在SHD各自与其主链的C—C键上(CA—CB键)。但这样做会使QM和MM区各自的电荷不为整数。一种解决办法是重新计算...
如果是单独完整编译CP2K,最后的make指令没有libcp2k,但这是GROMACS必需的,需要手动补上以生成相关库,不然GROMACS的make最后一步会提示找不到lcp2k。具体QM/MM编译细节在GROMACS手册中有说明。 增加libcp2k后似乎不会生成cp2k的可执行文件(似乎不应该?未重复验证),即无法使用cp2k计算。需要CP2K单独使用可分两次编译...
最近在用gromacs-cp2k联用的方法做QMMM，并尝试分别用plumed和cp2k内置的metadynamic做增强采样。在用内置...
测试cp2k安装成功。之后解压Gromacs-22安装包 mkdir build cd build cmake .. -DBUILD_...
Version:Gromacs2022.5 cp2k2022.1 Plumed2.8.2 ### actin.gro and actin.top files are from actin.inpcrd and actin.prmtop, and the charges are normal amber charges and LJ parameters are 0 for HW (hydrogen of water) and OH (hydrogen of Ser, Thr and Tyr). Note:do not change the...
软件对比3-MD分子动力学软件对比:LAMMPS/GROMACS/AMBER/CHARMM/Materials Studio/CP2K是否免费,好学不?MS杨站长 立即播放 打开App,流畅又高清100+个相关视频 更多 3.5万 151 02:00:51 App LAMMPS第一期_分子动力学模拟基础 1.7万 10 14:34 App Gromacs分子动力学模拟教学视频·第三节·软件安装 2.4万 25 27...
cp2k2gro.py ,能够将CP2K的轨迹文件转化成GROMACS的轨迹,从而被很多分子动力学后处理包比如MDAnalysis所兼容。 CP2K输出的轨迹文件通常为只包含坐标的 xyz 文件,没有包含晶格信息,在进行格式转化时需要补充晶格坐标。如果进行的体积不变的模拟,比如NVT系综下的模拟,盒子在模拟时保持不变,因此只需补充固定的晶格信息...
GROMACS-CP2K的编译工作主要分为两步:1.将CP2K编译成libcp2k 和2.GROMACS与libcp2k共同编译 1.配置与设备 本文编译采用软件版本CP2K 2024.02/GROMACS 2024.02 OpenMPI: 4.1.5 (由GCC编译,openmpi版本极大的影响了软件的兼容性) 系统:Rocky8GCC:9.2(必须在9.0之上,不然无法编译) ...
2、CP2KQM/MM 接口编译 source /home/computer9/soft_openapi/cp2k-2024.3/tools/toolchain/install/setup make ARCH=local VERSION="ssmp psmp" libcp2k cd .. 3、gromacs2024.3 编译 cd soft_openapi tar -zvxf gromacs mkdir build cd build cmake .. \ ...