CP2K是最近兴起的第一性原理软件,可负责QM部分;Gromacs是常用的MD软件,且提供了CP2K接口,可负责MM和MD部分。二者的结合是一种有效的QM/MM toolchain。实际上CP2K自己也可算QM/MM/MD,但需要用到Amber的力场格式,比较复杂,还是更习惯用Gromacs。本文总结了我通过Gromacs+CP2K做QM/MM/MD的步骤和遇到的问题。 QM...
如果安装失败,不要气馁,增减 cmake 参数、修改交叉编译选项(-DCP2K_LINKER_FLAGS)并不断重复 cmake 和 make 行,多尝试几次。如果需要减少 CP2K 的某些依赖,注意保证 CP2K 的目录结构不要被破坏。 关于Gromacs 与 CP2K 联用的教程可见 QM/MM with GROMACS + CP2K (bioexcel.eu)docs.bioexcel.eu/2021...
进入/Users/formidable/src/cp2k-8.1/tools/toolchain 用toolchain安装依赖，可以根据自己的需求增减。./...
我遇到同样的问题，已解决。方式是电脑上有openmpi，但是版本低，在安装cp2k的时候又安装了新的openmpi，...
Gromacs 2024.2 与 CP2K 2024.1 的交叉编译步骤如下：准备环境：确保项目目录结构包含bin、lib和include三个目录，分别用于存放可执行文件、库文件和头文件。将bin目录下的可执行文件添加到PATH环境变量中，将lib目录下的库文件添加到LD_LIBRARY_PATH中。安装FFTW库：根据CPU支持的指令集，选择自行编译...
gromacs和cp2k以plumed为端口下并行版本编译,用于计算QM/MM 580 1 2:37 App gromacs与cp2k联用的QMMM结果演示和子系统下的环境变量配置与ORCA做QMMM的相关杂谈 3794 -- 22:41 App 【GROMACS】新手必备!GROMACS分子动力学模拟软件入门(能量最小化、NVE驰豫、NVT控温、NPT控压、MD平衡模拟) 1628 1 1:22 App ...
前段时间在学术之友上发布了一篇用强大的GROMACS分析工具分析VASP的动力学结果的教程,引起一定的反响。应研之成理的邀请,编写了一个与CP2K软件联用的脚本 cp2k2gro.py ,能够将CP2K的轨迹文件转化成GROMACS的轨迹,从而被很多分子动力学后处理包比如MDAnalysis所兼容。
先前许楠博士已经在本公众号介绍了一系列分子动力学后处理教程,比如:将GROMACS用于CP2K动力学后处理,用强大的GROMACS分析工具分析VASP的动力学结果,第一性原理分子动力学(AIMD)结果分析教程。这些教程推出之后反响极好,因此庚子科技特邀请许楠博士在小鹅通进行一次线上直播(报名费仅10元,对于已经报名CP2k和AIMD课程的同学...
GROMACS还有一个局限性是支持的势函数的类型不是特别多,例如描述Fe等一些金属在文献中没有GROMACS能支持的对势形式,需要用EAM等多体势才行,这在CP2K程序做动力学时可以支持。有这方面研究需求者推荐参加北京科音CP2K第一性原理动力学培训班(http://www.keinsci.com/KFP),里面有充分的相关讲解,但在参加CP2K培训...
对于未来要参加“北京科音CP2K第一性原理培训班”(http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html)学习第一性原理动力学的学员来说,本培训给他们提供了不可或缺的动力学方面的理论基础以及分析和可视化方面的关键性背景知识。 “北京科音分子动力学与GROMACS培训班”每年都会开办约2次,从而不断令更多科研工作...