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(1) 分子动力学模拟:Gromacs 可以模拟分子体系在不同温度和压力下的动力学行为,包括分子之间的相互作用、运动轨迹等。 (2) 静态结构计算:Gromacs 可以通过分子动力学模拟和最小化势能的方法来计算分子的静态结构,如蛋白质的三维结构。 (3) 模拟过程中能量计算:Gromacs 可以计算分子体系在模拟过程中的各种能量,如动...
4. GROMACS在分子动力学研究中的应用 GROMACS广泛应用于分子动力学研究领域,包括以下几个方面: (1)蛋白质折叠:通过GROMACS可以模拟蛋白质的折叠过程,了解蛋白质二级、三级结构的形成机制。 (2)蛋白质-配体相互作用:GROMACS可以模拟蛋白质与小分子配体的相互作用,用于药物设计和药效预测等研究。 (3)脂质双层模拟:GROMAC...
coulombtype选择gromacs计算原子静电相互作用方法(PME代表particle mesh ewald;另外还可以用cut-off)。 Rcoulomb和rvdw是计算静电和范德华作用的阈值(单位nm,1.0nm=10.0埃)温度耦合部分非常重要,必须正确填写: Tcoupl= v-rescale [8, 9](用随机条件重新调解速度的温度耦合类型。) tau_t温度耦合的时间常数(单位ps)...
氢键在分子动力学中相互作用的分析中十分常用,在Gromacs中可通过“gmx hond”命令对氢键的数量、稳定性等进行分析。在氢键分析中需要指定两个不同的组,它们必须完全相同或者彼此之间无任何重叠。 分析氢键常用的命令为: gmx hbond -s md_0_10.tpr -f md_0_10_center.xtc -n index.ndx -num hbond_num.xvg...
1.加载分子结构(PDB 文件):• PDB 文件(Protein Data Bank)包含分子(如蛋白质、核酸、小分子)的三维坐标和结构信息。• GROMACS 使用 pdb2gmx 工具将这些坐标信息转化为分子模型,同时分配力场参数。• 力场:描述分子间相互作用的数学模型,包括键、角、二面角势能及范德华力、电荷相互作用。
1.Gromacs 简介 2.蛋白质力场的概念 3.Gromacs 中的蛋白质力场选择 4.常见蛋白质力场类型 5.蛋白质力场选择的重要性 6.结论 正文 1.Gromacs 简介 Gromacs 是一个开源的分子模拟软件,广泛应用于生物物理学、药物设计等领域。它可以模拟大分子体系,如蛋白质、核酸等,以及它们之间的相互作用。在 Gromacs 中,用户可...
-water来指定水模型研究表明SPC/E 水模型在水盒子模拟中表现最好。用SPC/E 水模型研究长程静电相互作用较好。 #注:对于下面将要用到的任何命令,都可以使用“-h”查看该命令的使用方法,比如,对于命令pdb2gmx 可以使用: pdb2gmx –h 3 建立盒子 editconf -bt cubic –f fws.pdb –o fws.pdb –d 0.9 ...
(4)制作蛋白相互作用动画 (5)针对ACE2和新冠病毒Spike的蛋白晶体复合物,制作蛋白-蛋白相互作用 第二天上午 同源建模 1. 同源建模原理介绍 1.1 同源建模的功能及使用场景 1.2 同源建模的方法 2. Swiss-Model 同源建模; 2.1 同源蛋白的搜索(blast等方法) ...
第1课:分子动力学概述 分子动力学模拟的简介; 分子力场的基本概念、分类和应用范围; 常用的分子动力学算法介绍:能量最小化算法、积分牛顿方程的算法、周期边界条件、非键相互作用、热浴压浴、限制和约束等。 第2课:输入输出文件和模拟指令讲解 分子结构坐标文件介绍(gro、pdb、mol2等); ...