1)使用Avogadro软件为配体添加氢原子,同时输出JZ4.com文件,修改Gaussian设置,获得Gaussian输入文件JZ4.gjf,进行 Gaussian 优化。2)利用 AmberTools 计算电荷。3)利用 parmchk 检查成键相缺失。4)利用LEaP生成 Amber 格式力场,文件内容见下图。5)利用acpype将Amber格式转换为Gormacs格式的G
4、相互作用分析:氢键网络、接触面积、界面水分子等 实战演练: 1、模拟轨迹分析:trajectory,sasa,rdf,freevolume等 2、生成拓扑结构和坐标文件:editconf,genconf,pdb2gmx等 3、模拟能量分析:energy,enemat等 4、系统动态结构分析:cluster,confrms,midist等 5、空间分布性质:gyrate,msd,rdf,traj等 6、分子结构分析:...
利用python脚本进行能量的计算,得到最后的能量文件并作图,即可直观展示蛋白质和配体间的相互作用能随时间的变化。 以四种体系中配体与蛋白质之间的LJ(SR)为例: 4 RMSD 均方根误差(RMSD)可理解为结构变化对于原子总数的平均; RMSD 表示不同结构同一原子的距离。蛋白质的RMSD可以揭示蛋白质在模拟过程中的构象与初始构...
constraints = h-bonds:约束所有氢键 lincs_iter = 1:LINCS算法迭代次数 lincs_order = 4:LINCS算法使用的矩阵阶数 cutoff-scheme = Verlet:使用Verlet截断方案 ns_type = grid:使用网格法搜索邻近原子 nstlist = 10:每10步更新一次邻近列表 rcoulomb = 0.9:库仑相互作用截断半径为0.9 nm rvdw = 0.9:范德华...
- 势能计算:Gromacs 可以计算生物大分子的势能,包括分子间的相互作用能、分子内能等。 - 模拟过程中的能量计算:Gromacs 可以在模拟过程中实时计算各种能量,如动能、势能、内能等。 - 轨迹文件的输出:Gromacs 可以输出轨迹文件,方便用户进行后续的分析。 - 模拟过程中的原子运动轨迹可视化:Gromacs 具有可视化工具,可以实...
1.克隆并启动容器 打开工作空间 打开终端 或者采用 SSH 控制服务器: 在X-shell 或者 mac unix 终端,输入:ssh -p 32699 root@ssh.openbayes.com,再输入密码即可(如下所示)↓ liangzhongzhongzhong@lzr ~ % ssh -p 32699 root@ssh.openbayes.com
1、了解基础知识:在学习Gromacs之前,你需要具备一定的化学、物理和生物学基础知识,了解分子结构、相互作用以及动力学原理。 2、获取软件:你可以从Gromacs官方网站下载最新版本的软件,并根据安装指南进行安装。 3、阅读官方文档:Gromacs官方文档是学习的最佳起点,其中包含了详细的安装指南、使用说明以及示例教程。
1.Gromacs 简介 2.蛋白质力场的概念 3.Gromacs 中的蛋白质力场选择 4.常见蛋白质力场类型 5.蛋白质力场选择的重要性 6.结论 正文 1.Gromacs 简介 Gromacs 是一个开源的分子模拟软件,广泛应用于生物物理学、药物设计等领域。它可以模拟大分子体系,如蛋白质、核酸等,以及它们之间的相互作用。在 Gromacs 中,用户可...
(4)制作蛋白相互作用动画 (5)针对ACE2和新冠病毒Spike的蛋白晶体复合物,制作蛋白-蛋白相互作用 第二天上午 同源建模 1. 同源建模原理介绍 1.1 同源建模的功能及使用场景 1.2 同源建模的方法 2. Swiss-Model 同源建模; 2.1 同源蛋白的搜索(blast等方法) ...
针对gromacs软件的常用模块进行教学,包括蛋白与配体模拟分析,离子液体,小分子与细胞膜相互作用,同时介绍gromacs中的各分析模块使用功能。具体内容如下: 1. 蛋白与配体模拟分析 蛋白质的预处理,配体分子建模 1.1分子动力学模拟的力场 1.2.分子动力学模拟的参数及方法 1.3复合物构象随时间的变化 1.4. 均方根偏差分析 1....