对于VDW参数的确定,GROMOS96力场在ffG43a1nb.itp里面的[ nonbond_params ]中提供了各种各样原子类型的组合,计算i、j两个原子间的VDW作用时会根据原子类型对应获得C(ij)参数(包括C6和C12项)。若计算两个原子间VDW作用时,发现[ nonbond_params ]里面没有对应的,就通过组合方法确定,从[ atomtypes ]中得到原子...
而不希望由于混合规则影响这两种原子类型与其它原子类型的LJ参数，应当用[ nonbond_params ]字段直接指定...
若计算两个原子间VDW作用时,发现[ nonbond_params ]里面没有对应的,就通过组合方法确定,从[ atomtypes ]中得到原子i的C(i)与原子j的C(j),由于ffG43a1.itp里面comb-rule设的是1,会根据(C(i)*C(j))^1/2公式来获得C(ij)。由于OPLSAA并没有[ nonbond_params ]段,故所有C(ij)项都是如上算出来的(...
我在我用的OPLS力场文件夹的ffnonbonded.itp文件里面的[ nonbond_params ] 写入了这些参数 [ nonbond...
itp：不同的itp文件包含不同分子的atomtypes，nonbond_params，moleculetype，atoms，bonds，angles，...
首先加入VDW和1-4VDW参数,分别在ffgmx2nb.itp里的[atomtypes]和[nonbond_params]里面添加。 如果前面x2top时加了-noparam,还需要设定键结参数。分两种情况: 1 直接在.top里面每一个键结项后面加入相应力场参数,类似于x2top自动在.top里添加力场参数的方式,用ultraedit等软件的列模式批量加入效率最高。 2 不...
specbond.dat /usr/share/gromacs/top/ss.map /usr/share/gromacs/top/surface.dat /usr/share/gromacs/top/sw.itp /usr/share/gromacs/top/table6-10.xvg /usr/share/gromacs/top/table6-11.xvg /usr/share/gromacs/top/table6-12.xvg /usr/share/gromacs/top/table6-8.xvg /usr/share/gromacs/top/...
loadamberparams sub_h.frcmod #加载配体参数 mol = loadpdb receptor_tgermini_reduce_complex.pdb #加载受体分子 bond mol.43.SG mol.242.FE #链接HEM的FE原子和CYP的SG原子 bond mol.42.C mol.43.N #链接CYP的上游残基 bond mol.43.C mol.44.N #链接CYP下游残基 ...
;name bond_type mass charge ptype sigma epsilon o o 0.00000 0.00000 A 3.05e-01 6.56e-01 ; c1 c1 0.00000 0.00000 A 2.8e-01 2.24e-01 ; [ moleculetype ] ;name nrexcl COO 3 [ atoms ] ; nr type resi res atom cgnr charge mass ; ...
int m_pullvec = -1, count_nonzeros = 0; /* Check that pull vec has only one component and which component it is. This component gives the relevant box vector */ for (int m = 0; m < DIM; m++) { if (pcrd_params->vec[m] != 0) { m_pullvec = m; count_nonzeros++; ...