13.Bonds constraints = ; 键约束 none ; 没有约束,除特意指明外 hbonds ; 氢键约束 all-bonds ; 所有键约束 h-angles ; 所有氢键键长和键角约束 all-angles ;所有键长和键角约束 constraint-algorithm = ; 约束算法 LINCS ; 不能用于角度约束SHAKE ; 比LINCS慢且不稳定;不能用于能量最小化 continuation =...
constraint_algorithm = lincs ; holonomic constraints constraints = all-bonds ; all bonds (even heavy atom-H bonds) constrained lincs_iter = 1 ; accuracy of LINCS lincs_order = 4 ; also related to accuracy ; Neighborsearching ; --- cutoff-scheme = Verlet ns_type = grid ; search neighborin...
一律不要用all-bonds，用论坛首页google框搜索，我之前说过不止一次 continuation没必要去刻意设它 不要...
13.Bondsconstraints = ; 键约束none ; 没有约束,除特意指明外hbonds ; 氢键约束all-bonds ; 所有键约束h-angles ; 所有氢键键长和键角约束all-angles ;所有键长和键角约束constraint-algorithm = ; 约束算法LINCS ; 不能用于角度约束SHAKE ; 比LINCS慢且不稳定;不能用于能量最小化continuation = ;no ; 初试...
constraints = all-bonds ; #键约束,all-bonds:所有键约束 lincs_iter = 1 ; #迭代次数,用于LINCS约束精度,默认1 lincs_order = 4 ; #约束偶合矩阵阶次,用于LINCS约束精度,默认4 ; Neighborsearching cutoff-scheme = Verlet ns_type = grid ; #邻近列表搜索方法 ...
在mdp用的是constraints=none,采用=all-bonds就会出现 Fatal error:Too many LINCS warnings (1105)请问...
all-bonds设定LINCS 算法限制所有键。 integrator告诉 gromacs进行何种动态算法(另外的选项“ sd ”代表stochastic dynamics) dt是每步的时间(我们选择了2fs;但此处的单位一定是 ps !) nsteps是运行的步数(总模拟时间 = nsteps * dt)。 nstxout告诉gromacs轨迹文件收集模拟快照(坐标)的频率( nstxout = 250 且dt ...
GROMACS关键字 1 Preprocessing 1-1 include = … ; 指定拓扑结构目录 1-2 define = ; 预处理控制拓扑文件 -DPOSRES ; 位置限制restraints -DFLEXIBLE ; 柔性水代替刚性水 2 Run control 2-1 integrator = ; 指定积分算法（仅给出常用算法） md ; 蛙跳牛顿积分算法, 用于平衡动力学积分 ...
constraints=all-bonds;all bonds(even heavy atom-Hbonds)constrained lincs_iter=1;accuracy ofLINCSlincs_order=4;also related to accuracy;Neighborsearchingcutoff-scheme=Verletns_type=grid;search neighboring grid cells nstlist=10;20fs,largely irrelevant withVerletrcoulomb=1.0;short-range electrostatic cutoff...
之后1 2原⼦距离会固定保持在0.153nm，即便1 2原⼦在[ bonds ]中定义是成键的也是如此。注意，.mdp⾥如果写constraint=none，只是说批量约束hbonds、all-bonds等没有了，在拓扑⽂件中⾃定义的constraint约束项仍然⽣效。顺便⼀提，在默认情况下，gromacs的⽔的结构是被settle算法约束住的，也就是所...