lincs-warnangle = 30 ; Convert harmonic bonds to morse potentials morse = no ; ENERGY GROUP EXCLUSIONS ; Pairs of energy groups for which all non-bonded interactions are excluded energygrp-excl = ; WALLS ; Number of walls, type, atom types, densities and box-z scale factor for Ewald nwa...
13.Bonds constraints = ; 键约束 none ; 没有约束,除特意指明外 hbonds ; 氢键约束 all-bonds ; 所有键约束 h-angles ; 所有氢键键长和键角约束 all-angles ;所有键长和键角约束 constraint-algorithm = ; 约束算法 LINCS ; 不能用于角度约束 SHAKE ; 比LINCS慢且不稳定;不能用于能量最小化 continuation ...
博文http://sobereva.com/10中“.mdp里的比如constraints = all-bonds也是应用这种约束方法，也就是约束...
一律不要用all-bonds，用论坛首页google框搜索，我之前说过不止一次 continuation没必要去刻意设它 不要...
all-bonds设定LINCS 算法限制所有键。 integrator告诉 gromacs进行何种动态算法(另外的选项“ sd ”代表stochastic dynamics) dt是每步的时间(我们选择了2fs;但此处的单位一定是 ps !) nsteps是运行的步数(总模拟时间 = nsteps * dt)。 nstxout告诉gromacs轨迹文件收集模拟快照(坐标)的频率( nstxout = 250 且dt ...
1Preprocessing include=…;指定拓扑结构目录 define=;预处理控制拓扑文件 -DPOSRES;位置限制restraints -DFLEXIBLE;柔性水代替刚性水 2Runcontrol integrator=;指定积分算法（仅给出常用算法）md;蛙跳牛顿积分算法,用于平衡动力学积分 steep;最陡下降法，用于能量最小化 cg；共轭梯度法;用于能量最小化（需双精度，且...
constraints = all-bonds ; #键约束,all-bonds:所有键约束 lincs_iter = 1 ; #迭代次数,用于LINCS约束精度,默认1 lincs_order = 4 ; #约束偶合矩阵阶次,用于LINCS约束精度,默认4 ; Neighborsearching cutoff-scheme = Verlet ns_type = grid ; #邻近列表搜索方法 ...
constraints = all-bonds lincs_iter = 1 lincs_order = 4 ns_type = grid nstlist = 5 rlist = 1.0 rcoulomb = 1.0 rvdw = 1.0 coulombtype = PME. pme_order = 4 fourierspacing = 0.16 tcoupl = V-rescale tc-grps = Protein Non-Protein tau_t = 0.1 0.1 ref_t = 300 300 pcoupl = ...
constraints = all-bonds ; all bonds (even heavy atom-H bonds) constrained lincs_iter = 1 ; accuracy of LINCS lincs_order = 4 ; also related to accuracy ; Neighborsearching ; --- cutoff-scheme = Verlet ns_type = grid ; search neighboring...
define = -DPOSRES_LIPID ;对top文件的控制选项-DFLEXBLE:这个选项告诉grompp水分子是柔性的,非刚体 -DPOSRES:限制自由度 ;constraints = all-bonds integrator = md ;算法,md这里表示蛙跳算法 dt = 0.001 ; ps! ;时间步长 nsteps = 1000 ; total 10ps. ;步数 comm_mode = None ;linear对质心平动,anglar...