holonomic constraints constraints = all-bonds ; all bonds (even heavy atom-H bonds) constrained lincs_iter = 1 ; accuracy of LINCS lincs_order = 4 ; also related to accuracy ; Neighborsearching ; --- cutoff-scheme = Verlet ns_type = grid ; search neighboring grid cells nstlist = 10 ;...
博文http://sobereva.com/10中“.mdp里的比如constraints = all-bonds也是应用这种约束方法，也就是约束...
itp 3. 随机插入一定摩尔浓度的urea到指定大小的盒子中(此处构建一个3*3*3 nm^3的立方体盒子) 插入分子数目和盒子大小以及浓度的关系如下: Nurea=cureaVNA 其中curea 为尿素的摩尔浓度(8 mol/L), V 为盒子的体积(27 nm^3), NA为阿伏伽德罗常数(6.022*10^23)。 计算得到nurea 是目标插入的尿素的分...
在mdp用的是constraints=none,采用=all-bonds就会出现 Fatal error:Too many LINCS warnings (1105)请问...
constraints = all-bonds lincs_iter = 1 lincs_order = 4 ns_type = grid nstlist = 5 rlist = 1.0 rcoulomb = 1.0 rvdw = 1.0 coulombtype = PME. pme_order = 4 fourierspacing = 0.16 tcoupl = V-rescale tc-grps = Protein Non-Protein tau_t = 0.1 0.1 ref_t = 300 300 pcoupl = ...
; OPTIONS FOR BONDS constraints = all-bonds ; (固定所有键长) 不约束蛋白,给体系升温至300K vnt.mdp title = NVT simulation cpp = /lib/cpp integrator = md dt = 0.002 nsteps = 1250 ; OUTPUT CONTROL OPTIONS nstxout = 0 (只输出最后一帧的坐标) ...
constraints = all-bonds ; allbonds(even heavy atom-H bonds)constrained lincs_iter =1; accuracy of LINCS lincs_order =4; also related to accuracy ; Neighborsearching cutoff-scheme = Verlet ns_type = grid ; search neighboring grid cells ...
Gromacs mdp⽂件参数详解 title = BPTI inwater, 300K ；名字啦 cpp = /lib/cpp ；预处理程序，gcc的路径 define = -DPOSRES_LIPID ；对top⽂件的控制选项-DFLEXBLE:这个选项告诉grompp⽔分⼦是柔性的，⾮刚体 -DPOSRES：限制⾃由度 ;constraints = all-bonds integrator = md ；算法，md这⾥表...
constraints = all-bonds ; #键约束,all-bonds:所有键约束 lincs_iter = 1 ; #迭代次数,用于LINCS约束精度,默认1 lincs_order = 4 ; #约束偶合矩阵阶次,用于LINCS约束精度,默认4 ; Neighborsearching cutoff-scheme = Verlet ns_type = grid ; #邻近列表搜索方法 ...
之后1 2原⼦距离会固定保持在0.153nm，即便1 2原⼦在[ bonds ]中定义是成键的也是如此。注意，.mdp⾥如果写constraint=none，只是说批量约束hbonds、all-bonds等没有了，在拓扑⽂件中⾃定义的constraint约束项仍然⽣效。顺便⼀提，在默认情况下，gromacs的⽔的结构是被settle算法约束住的，也就是所...