constraints中的all-bonds选项可以应用线形限制算法确定系统中的所有键长(当dt > 0.001 ps时尤为重要)。学习一下下面的mdp文件。 pr.mdp: define声明中的–DPOSRE告诉Gromacs运行位置限制动力学模拟。 constraints声明如前所述。 all-bonds设定LINCS算法限制所有键。 integrator告诉gromacs进行何种动态算法(另外的选项“ ...
三、键 constraints = all-bonds ; none :除了拓扑文件中明确定义的外,没有限制。 hbonds :给含有氢原子的键添加限制。 all-bonds :给所有的键添加限制。 h-angles。 :给所有的键添加限制,同时给含有氢原子的角度添加限制。 all-angles :给所有的键和角度添加限制。 Type of constraint algorithm constraint_al...
all-bonds 设定LINCS 算法限制所有键。integrator 告诉 gromacs进行何种动态算法(另外的选项“ sd ”代表stochastic dynamics) dt 是每步的时间(我们选择了2fs;但此处的单位一定是 ps !) nsteps 是运行的步数(总模拟时 16、间 = nsteps * dt)。nstxout 告诉gromacs轨迹文件收集模拟快照(坐标)的频率( nstxout =...
博文http://sobereva.com/10中“.mdp里的比如constraints = all-bonds也是应用这种约束方法，也就是约束...
[bonds]里面指定了原子间连接关系,不管后面力场参数是不是空的,都说明原子是相连的。此时,如果在mdp里面设了constraint=all-bonds,所有[bonds]里面的键就会被约束住(不是按照距离远近判断,而是看[bonds]里面怎么连接的)。比如51 91 2后面虽然没写力场参数,此时也会被约束住。如果写了力场参数,则力场参数视为无效...
cpp = /lib/cpp ; 预处理程序, gcc的路径define = -DPOSRES_LIPID ; 对top文件的控制选项-DFLEXBLE:这个选项告诉grompp水分子是柔性的,非刚体-DPOSRES :限制自由度constraints = all-bonds;integrator = md ; 算法, md这里表示蛙跳算法dt = 0.001; psl ;时间步长nst...
1Preprocessing include=…;指定拓扑结构目录 define=;预处理控制拓扑文件 -DPOSRES;位置限制restraints -DFLEXIBLE;柔性水代替刚性水 2Runcontrol integrator=;指定积分算法（仅给出常用算法）md;蛙跳牛顿积分算法,用于平衡动力学积分 steep;最陡下降法，用于能量最小化 cg；共轭梯度法;用于能量最小化（需双精度，且...
all-bonds设定LINCS 算法限制所有键。 integrator告诉 gromacs进行何种动态算法(另外的选项“ sd ”代表stochastic dynamics) dt是每步的时间(我们选择了2fs;但此处的单位一定是 ps !) nsteps是运行的步数(总模拟时间 = nsteps * dt)。 nstxout告诉gromacs轨迹文件收集模拟快照(坐标)的频率( nstxout = 250 且dt ...
constraints = all-bonds ; #键约束,all-bonds:所有键约束 lincs_iter = 1 ; #迭代次数,用于LINCS约束精度,默认1 lincs_order = 4 ; #约束偶合矩阵阶次,用于LINCS约束精度,默认4 ; Neighborsearching cutoff-scheme = Verlet ns_type = grid ; #邻近列表搜索方法 ...