在分子动力学中，可以依据RMSD对轨迹进行聚类，把相似的构象聚集在一起，聚类的常用命令为：gmx cluster -f md_0_10_center.xtc -s md_0_10.tpr -cutoff 0.8 -b 1000 -wcl 10 -method gromos -sz 其中：-b：指定从多少ps开始分析，一般情况下轨迹前期结构变化较大，可以从稳定后如1000 ps开始分析；-m...
-method:指定算法,默认为linkage,可以选jarvis-patrick、monte-carlo、diagonalization、gromos; -cutoff:截断值,可以根据实际情况需要反复尝试,cutoff设置的越大,簇里的帧之间的RMSD允许差异就越大,聚类的数目越少。 通过以上命令,每个簇当中最有代表性的结构一起被输出为多帧文件cluster.pdb,可以通过各类可视化软件如VM...
概况GROMACS于上世纪90年代初诞生于哥廷根大学Berendsen实验室,其开发初衷是发展一个并行的分子动力学软件,初版功能主要基于van Gunsteren和Berendsen开发的串行动力学软件GROMOS。虽然与GROMOS有很深的渊源,GR…
在分子动力学中,可以依据RMSD对轨迹进行聚类,把相似的构象聚集在一起,聚类的常用命令为: gmx cluster -f md_0_10_center.xtc -s md_0_10.tpr -cutoff 0.8 -b 1000 -wcl 10 -method gromos -sz 其中: -b:指定从多少ps开始分析,一般情况下轨迹前期结构变化较大,可以从稳定后如1000 ps开始分析; -method...
-method:指定算法,默认为linkage,可以选jarvis-patrick、monte-carlo、diagonalization、gromos; -cutoff:截断值,可以根据实际情况需要反复尝试,cutoff设置的越大,簇里的帧之间的RMSD允许差异就越大,聚类的数目越少。 通过以上命令,每个簇当中最有代表性...
然后依次详细介绍常见的分子力场,包括GROMOS系列、OPLS系列、AMBER系列、GAFF/GAFF2、GLYCAM、CHARMM系列、CGenFF、Dreiding、UFF、CFF、CVFF、PCFF、COMPASS、MM系列、TraPPE、KBFF、CLAYFF、INTERFACE、Merz的离子力场、phosaa14SB/19SB等等。介绍分子力场中可以使用的原子电荷(RESP、RESP2、ADCH、EEM、QEq、CM5、AM1-...
<gmx cluster -f input.pdb -s topol.tpr -cutoff 20 -method gromos -av> Gromacs文档说，cluster...
Method for cluster determination: linkage, jarvis-patrick, monte-carlo, diagonalization, gromos -minstruct <int> (1) Minimum number of structures in cluster for coloring in the .xpm file -[no]binary (no) Treat the RMSD matrix as consisting of 0 and 1, where the cut-off is given by -cu...
对分子结构进行归簇,Gromacs 也提供 g_cluster 程序,故可以使用该程序对结构进行提前归簇在计算能量,同样可以达到目的。 程序输入输出文件: --- -f: 输入文件,PDB 文件格式。 -ox: 归簇输出文件,PDB文件格式。 -od: 能量输出文件,为 xmgrace 的 xvg 文件格式。 -of: 自由能输出文件,xvg 文件格式。 -g: ...
-DGMX_BUILD_MDRUN_ONLY=onforbuilding only mdrun, e.g. for compute cluster back-end nodes -DGMX_DOUBLE=onto build GROMACS in double precision (slower, and not normally useful) -DCMAKE_PREFIX_PATH=xxxto add a non-standard location for CMake tosearch for libraries, headers or programs ...