Gromacs是一种用于模拟分子动力学的开源软件,可以用于模拟大分子系统的行为,如蛋白质、脂质体等。在Gromacs中,使用了一种叫做“.gro”格式的文件来存储分子结构的信息。在实际应用中,有时候我们需要合并多个.gro文件,这时就需要使用Gromacs中的合并指令来完成这个任务。下面我们来具体介绍一下如何使用Gromacs中的合并指令...
我的结构是蛋白-蛋白复合物，在charmm-gui制作溶液后转到gromacs进行10步1ns的成品模拟，该过程无报错 ...
只要原子数一致，靠trjcat总能合并，有没有意义另谈 当前情况合并我看不出有任何意义 ...
GROMACS是一个用于分子动力学模拟的软件包,它可以用来模拟各种类型的分子系统。其中,混合规则是在模拟过程中处理不同类型分子间相互作用的重要方法之一。本文将介绍GROMACS中混合规则的相关知识。 二、基本概念 1. 混合规则 混合规则是指在模拟过程中处理不同类型分子间相互作用的方法。常见的混合规则有Lorentz-Berthelot...
关于自由能计算的背景知识: 筱朗:Gromacs结合自由能计算教程(一)筱朗:Gromacs结合自由能计算教程(二)在阅读之前请先下载本教程所提及的文件,其中包含了我自己的一个可运行的副本 链接: https://pan.baidu.…
1.1 . 创建拓扑与坐标文件 gmx editconf- 编辑模拟盒子以及写入子组(subgroups) editconf -bt triclinic -f a.gro -o a-box.gro -d 1 gmx protonate- 结构质子化 gmx x2top- 根据坐标生成原始拓扑文件 gmx solvate- 体系溶剂化 gmx solvate -cp 1AKI_newbox.gro -cs spc216.gro -o 1AKI_solv.gro ...
Gromacs是一种用于分子动力学模拟的软件包,常用于研究蛋白质、脂质、核酸等生物分子在原子级别上的行为。在使用Gromacs进行模拟时,混合规则(mixing rule)是一个重要的概念,它用于确定相互作用力场参数的组合规则。本文将深入探讨Gromacs中的混合规则,包括其原理、常用的混合规则类型以及如何在模拟中应用混合规则。 1. 混...
数字之门---GROMACS练习平台，在平台微信注册一下，进入计算，在镜像库选择，GROMACS镜像，然后在服务器栏目就可以网页直接操作。云计算就好比公路，计算软件就好比公路上奔跑的汽车，我们就好比汽车上的司机。您不用懂云，也不用懂计算，您只要设置好目的地，我们就会让计算变得像打车一样简单！新学员练习...
1、1 generating topologies and coordinates 生成拓扑和坐标文件1-1 pdb2gmx pdb 文件转换到拓扑文件(.top)和坐标文件(.gro)1-2 g_x2top从坐标文件(.gro)生成一个原始拓扑文件(.top)1-3 editconf编辑盒子及写入子组(subgroups)1-4 genbox体系溶剂化1-5 genion加入抗衡离子1-6 genconf增加一个随机方向的...