在蛋白质纯化和结晶的过程中需要加入大量的添加剂(如去污剂、盐离子、缓冲剂、金属离子、溶剂分子等),其将会成为污染物出现在解析后的晶体结构中,这些污染物并不能与蛋白质特异性结合,并将在许多自动化的处理中造成干扰。
Gromacs是一种用于模拟分子动力学的开源软件,可以用于模拟大分子系统的行为,如蛋白质、脂质体等。在Gromacs中,使用了一种叫做“.gro”格式的文件来存储分子结构的信息。在实际应用中,有时候我们需要合并多个.gro文件,这时就需要使用Gromacs中的合并指令来完成这个任务。下面我们来具体介绍一下如何使用Gromacs中的合并指令...
gromacs新手教程 对于分子动力学模拟领域来说,gromacs是一个很常用的软件,它既可以用来对所建立的模型体系进行多尺度的模拟,又可以用来对获得的模拟结果进行数据分析。今天主要是介绍一下新手小白该如何去适应并使用gromacs。 首先,在使用前,建议小白们去查阅一些关于分子模拟的综述性书本或者文献,来大致了解一下这个领域...
1.导出固定的帧 很多时候我们需要导出分子动力学轨迹中某一时刻的结构构象,比如比较动力学前后的构象差异,就需要导出轨迹中的第一帧和最后一帧。在Gromacs中,导出固定帧十分容易,常用命令如下: gmx trjconv -s md_0_10.tpr -f md_0_10_center.xtc -o first.pdb -dump 0 以上命令可输入轨迹中的第一帧,即...
在左侧导航栏依次选择“云资源 > 高性能计算HPC”,单击需要提交作业的共享/专属资源池后面的“控制台”跳转到Donau Portal主页面。 双击“作业模板”。 (可选)共享资源池请执行此步骤,专属资源池请跳过此步骤。共享资源池提交作业模板有两种方式可以选择: 选择已发布作业模板。 在作业模板页面展示的“已发布”作业模...
Gromacs是一种用于分子动力学模拟的软件包,常用于研究蛋白质、脂质、核酸等生物分子在原子级别上的行为。在使用Gromacs进行模拟时,混合规则(mixing rule)是一个重要的概念,它用于确定相互作用力场参数的组合规则。本文将深入探讨Gromacs中的混合规则,包括其原理、常用的混合规则类型以及如何在模拟中应用混合规则。 1. 混...
GROMACS(全称:GROningen MAchine for Chemical Simulations,格罗宁根化学模拟体系)是一套免费且开源的分子动力学模拟程序包,主要用来模拟研究蛋白质、脂质、核酸等生物分子的性质。它起初由荷兰格罗宁根大学生物化学系开发,目前由来自世界各地的大学和研究机构维护。基于算法上的优化,GROMACS效率很高。并且,GROMACS使用编译安装以...
我的结构是蛋白-蛋白复合物，在charmm-gui制作溶液后转到gromacs进行10步1ns的成品模拟，该过程无报错 ...
GROMACS is free, open-source software, and has consistently been one of the fastest (if not the fastest) molecular dynamics codes available. There are currently seven tutorials available: Lysozyme in Water: The intent of this tutorial is to give new users a basic introduction into the tools ...