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http://www.gromacs.org Overview Repositories7 Projects Packages People6 More Popular repositoriesLoading gromacsgromacsPublic Public/backup repository of the GROMACS molecular simulation toolkit. Please do not mine the metadata blindly; we use https://gitlab.com/gromacs/gromacs for code review and issu...
安装步骤 tar xfz gromacs-2023.3.tar.gz cd gromacs-2023.3 mkdir build cd build cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON make make chec
1 首先确保已安装好VMware虚拟机和CentOS操作系统(如下图)。此外可以到Gromacs官网和cmake官网下载安装程序包(http://manual.gromacs.org/documentation/ https://cmake.org/download/)。2 检查和安装C/C++(如下图)检查C/C++:$ gcc -v安装C/C++:$ sudo yum install gcc(这里sudo是获取临时root权限，需要管理...
安装gromacs,依赖openssl,cmake,fftw,需要按步骤依次安装。 一、openssl安装 下载安装包,解压 进入资源目录 建立安装目录 Configure生成makefile,注意—prefix指定安装目录,必须为绝对路径 编译安装 tar -xzf openssl-1.1.1h.tar.gz cd openssl-1.1.1h mkdir ~/opt/openssl-1.1.1h ...
“集谛”是一款内置于阿里云弹性高性能计算(Elastic High Performance Computing,E-HPC)的云上性能监控与分析引擎,支持集群资源利用情况的实时监控和用户作业运行情况的在线分析。对于采用GPU加速的异构计算应用场景,“集谛”除了监控节点host端资源外还能监控GPU device端的资源利用情况,给出GPU利用率、显存利用率和PCI-...
Gromacs是最常用的分子动力学模拟软件之一。很早就想写一点关于Gromacs的东西,可是Gromacs涉及东西太多了:从安装到使用,从分子动力学模拟基本知识到最终的数据分析,内容太多导致不知道从何处入手。然而,正所谓不积跬步,无以至千里,今天下定决心,先介绍一些Gromacs使用中涉及到的文件。 Gromacs简介 Gromacs是Groningen Machi...
1、编译器最低要求 GNU (gcc) 5.1 CMake 3.9.6 2、安装GCC-7.3 # yum install -y gcc gcc-c++ gcc-gfortran texinfo # wget http://mirrors.ustc.edu.cn/gnu/gcc/gcc-7.3.0/gcc-7.3.0.tar.gz# tar zxvf gcc-7.3.0.tar.gz # cd gcc-7.3.0# sh ./contrib/download_prerequisites ...
2、加模拟盒子,溶剂层厚度为0.8nm。 gmx editconf -bt ( boxtype: 做三个盒子的对比cubic/triclinic/dodecahedron ), -d 0.8 , 比较三种类型的盒子水分子数目差别。 3、加水溶剂。 gmx solvate –h 4、做能量优化。 参数文件:em.mdp(可从官网上下载) etol: 500,达到收敛,该步骤完成。
提交GROMACS作业有两种方式: 通过SSH命令行执行,具体操作请参见通过Donau Scheduler命令行提交作业。 通过Donau Portal页面执行,具体操作请参见通过运营平台跳转到Donau Portal提交作业。 通过Donau Scheduler命令行提交作业 通过运营平台跳转到Donau Portal提交作业