笔记本在安装虚拟机后，将gromacs安装包复制进入虚拟机时总是蓝屏，该如何解决？需要换其它版本windows10...
At this point, CMake may stop because it cannot find FFTW. 说的是你没有安装FFTW吧 ...
一般认为结构的分辨率值3 Å内适合做分子模拟），PDB ID分别为1HJ8和4I8G。
4、s. use a plain text editor like vi, emacs (linux/mac), or notepad (windows). do not use word processing software! delete the lines corresponding to these molecules (residue hoh in the pdb file). note that such a procedure is not universally appropriate (i.e., the case of a bound...
8: [DEPRECATED] Gromacs force field with hydrogens for NMR 9: Encad all-atom force field, using scaled-down vacuum charges 10: Encad all-atom force field, using full solvent charges --- 本人建议使用OPLS力场和tip4p水模型。tip4p水有四个粒子,分别是两个氢原子,一个氧原子和一个没有质量的电...
gromacs 中文 索引文件 Gromacs的索引文件，即index文件Gromacs的索引文件，即index文件，由make_ndx程序生成，文件后缀为.ndx。索引文件是gromacs最重要的概念文件，使用它可以在模拟过程中为所欲为。举一个简单的例子，比如想详细了解HIV整合酶切割DNA的反应机理，使用量子力学模拟反应位点的反应过程，而分子其他部位使用...
[gmx-users] itp file for TIP7PJacek Artur Kozuch [gmx-users] Different force constants for different umbrella windows?Andreas Mecklenfeld Re: [gmx-users] Different force constants for different umbrella windows?Justin Lemkul [gmx-users] Generating velocitiesMohamed Abdelaal ...
比如突然断电,断网或者磁盘空间满,或者windows死机(^_^)等等。重启gromacs模拟计算是一件十分方便的事情,因为gromacs众多的程序里面就有一个专门(或者吧)用来修改tpr文件的,就是tpbconv。 gromacs把模拟需要的所以文件都打包成一个tpr二进制文件,里面包含了分子坐标,各个原子在给定温度下速度和能量的分布。当模拟突然...
" with option -iiact for all umbrella windows.\n" "3) If all ACTs are identical and know, you can define them with -bs-tau.\n" Expand Down 2 changes: 1 addition & 1 deletion 2 src/gromacs/gmxana/gmx_xpm2ps.cpp Show comments View file Edit file Delete file This file contain...
这对熟悉 windows 环境的人 来说有一点烦, 但是如果熟悉了 Linux 环境, 也就慢慢喜欢啦。建议多使用命令, ( 就像 VMD, Pymol,rasmol 和 Chimera 等等分子可视化软件,如果接合命令使用,功能都非常强大。另 外一个比较 bt 的软件叫做 WHATIF 的,完全建立在 bt 的命令菜单上,心理承受能力不强者 多半吐血而终...