Greengenes2数据库更新的关键信息如下：重大更新：经过十年沉淀，经典Greengenes数据库已更新至2022.10版本，即Greengenes2。标准化分类系统：Greengenes2采用标准化分类系统，提高了微生物多样性研究结果的一致性和可比性。Qiime2兼容插件与分析流程：新版本提供了与Qiime2兼容的插件和分析流程，方便科研人员使用...
图1 Greengenes2总览此外，对于16S rRNA基因V4区域的研究，可以直接从系统发育中获得分类结果，无需使用朴素贝叶斯方法，并且可能产生更高的分辨率结果。同时，相较于Silva数据库，Greengenes2在属水平（Pearson r = 0.85）和物种水平上（Pearson r = 0.65）提供了良好的一致性（图2）。图2 16S rRNA ASV与...
本次更新后的Greengenes2数据库允许直接整合16S rRNA和宏基因组数据集,将其统一在一个参考树中,分析结果表明,由相同样本生成的16S rRNA和宏基因组数据在主坐标空间、分类学和表型效应大小方面一致。 Greengenes2的系统发育覆盖率远大于过去的资源(图1b),如SILVA、Greengenes和GTDB。过去在比对16s和宏基因组数据集上进...
图 微生物多样性16s rRNA物种注释常见的数据库有Silva数据库、RDP数据库以及Greengenes数据库。 微生物多样性16s rRNA物种注释常见的数据库有Silva数据库、RDP数据库以及Greengenes数据库。其中,Silva数据库因其拥有高质量的序列数据、广泛的物种覆盖范围、更新频率快等优势,近些年来被科研人员广泛使用。但是,由于缺乏标准...
图1 Greengenes2总览 此外,对于16S rRNA基因V4区域的研究,可以直接从系统发育中获得分类结果,无需使用朴素贝叶斯方法,并且可能产生更高的分辨率结果。同时,相较于Silva数据库,Greengenes2在属水平(Pearson r = 0.85)和物种水平上(Pearson r = 0.65)提供了良好的一致性(图2)。
图1 | Greengenes2数据库覆盖信息以及使用Greengenes2实现16S扩增子与宏基因组结果一致性。 a:Greengenes2系统发育,ASV多分支折叠;树枝末端颜色表示在美国肠道计划(AGP)、地球微生物组计划(EMP),两者都有(Both)或两者都没有(Neither)。外圈颜色代表Top 20门; ...
这次更新不仅提供了Qiime2兼容插件和分析流程，而且承诺会持续更新。尤为关键的是，Greengenes2升级后的系统发育覆盖率远超前辈，如SILVA、Greengenes和GTDB，使得16S rRNA和宏基因组数据的整合更为无缝。V4区域的研究不再依赖于朴素贝叶斯方法，能提供更高的分辨率结果，并与Silva数据库相比，展现出了显著的属...
调科学家首次推出Greengenes2,这是一个庞大的参考数据库,可以用来协调、比较和组合来自16S核糖体RNA基因扩增子(16S)或鸟枪法shotgun宏基因组测序技术的微生物组数据。两种主要的测序数据不再分歧! 在2023年7月27日发表在《自然生物技术》上的一项研究中,加州大学圣地亚哥分校的科学家们领导的一项国际努力推出了一个名...
图1 | Greengenes2数据库覆盖信息以及使用Greengenes2实现16S扩增子与宏基因组结果一致性。 a:Greengenes2系统发育,ASV多分支折叠;树枝末端颜色表示在美国肠道计划(AGP)、地球微生物组计划(EMP),两者都有(Both)或两者都没有(Neither)。外圈颜色代表Top 20门; ...
由加州大学圣地亚哥分校（UC San Diego）的科学家领导的国际研究团队成功开发了名为Greengenes2的参考数据库，这一突破性进展将使得16S核糖体RNA基因扩增（16S）和Shotgun宏基因组测序技术的微生物组数据相互比较和结合成为可能。UC圣地亚哥分校的儿科学、生物工程和计算机科学教授罗布·奈特（Rob Knight）博士表示：“这对...