Greengenes2数据库更新的关键信息如下：重大更新：经过十年沉淀，经典Greengenes数据库已更新至2022.10版本，即Greengenes2。标准化分类系统：Greengenes2采用标准化分类系统，提高了微生物多样性研究结果的一致性和可比性。Qiime2兼容插件与分析流程：新版本提供了与Qiime2兼容的插件和分析流程，方便科研人员使用...
Greengenes2的开发有望使得大量16S数据得以重新应用，并允许将其与现代Shotgun数据结合进行新的元分析。通过使用这个一致的分类资源，不同数据类型的微生物组研究的可重复性得到了显著提高，有助于研究人员在不同人群中可靠地回收大或小效应的变量。这项突破性成果为微生物组学研究带来了新的时代，将为我们更好地理解...
图1 Greengenes2总览此外，对于16S rRNA基因V4区域的研究，可以直接从系统发育中获得分类结果，无需使用朴素贝叶斯方法，并且可能产生更高的分辨率结果。同时，相较于Silva数据库，Greengenes2在属水平（Pearson r = 0.85）和物种水平上（Pearson r = 0.65）提供了良好的一致性（图2）。图2 16S rRNA ASV与...
本次更新后的Greengenes2数据库允许直接整合16S rRNA和宏基因组数据集,将其统一在一个参考树中,分析结果表明,由相同样本生成的16S rRNA和宏基因组数据在主坐标空间、分类学和表型效应大小方面一致。 Greengenes2的系统发育覆盖率远大于过去的资源(图1b),如SILVA、Greengenes和GTDB。过去在比对16s和宏基因组数据集上进...
图1 | Greengenes2数据库覆盖信息以及使用Greengenes2实现16S扩增子与宏基因组结果一致性。 a:Greengenes2系统发育,ASV多分支折叠;树枝末端颜色表示在美国肠道计划(AGP)、地球微生物组计划(EMP),两者都有(Both)或两者都没有(Neither)。外圈颜色代表Top 20门; ...
We introduce Greengenes2, a reference tree that unifies genomic and 16S rRNA databases in a consistent, integrated resource. By inserting sequences into a whole-genome phylogeny, we show that 16S rRNA and shotgun metagenomic data generated from the same samples agree in principal coordinates space...
同时,相较于Silva数据库,Greengenes2在属水平(Pearson r = 0.85)和物种水平上(Pearson r = 0.65)提供了良好的一致性(图2)。 图2 16S rRNA ASV与宏基因组数据的分类和效应大小一致性 综上所述,时隔多年,重新回归的Greengenes2更加全面,使用一致的、综合的分类资源显著提高了使用不同数据类型的微生物组...
图1 | Greengenes2数据库覆盖信息以及使用Greengenes2实现16S扩增子与宏基因组结果一致性。 a:Greengenes2系统发育,ASV多分支折叠;树枝末端颜色表示在美国肠道计划(AGP)、地球微生物组计划(EMP),两者都有(Both)或两者都没有(Neither)。外圈颜色代表Top 20门; ...
调科学家首次推出Greengenes2,这是一个庞大的参考数据库,可以用来协调、比较和组合来自16S核糖体RNA基因扩增子(16S)或鸟枪法shotgun宏基因组测序技术的微生物组数据。两种主要的测序数据不再分歧! 在2023年7月27日发表在《自然生物技术》上的一项研究中,加州大学圣地亚哥分校的科学家们领导的一项国际努力推出了一个名...
这次更新不仅提供了Qiime2兼容插件和分析流程，而且承诺会持续更新。尤为关键的是，Greengenes2升级后的系统发育覆盖率远超前辈，如SILVA、Greengenes和GTDB，使得16S rRNA和宏基因组数据的整合更为无缝。V4区域的研究不再依赖于朴素贝叶斯方法，能提供更高的分辨率结果，并与Silva数据库相比，展现出了显著的属...