同时，相较于Silva数据库，Greengenes2在属水平（Pearson r = 0.85）和物种水平上（Pearson r = 0.65）提供了良好的一致性（图2）。图2 16S rRNA ASV与宏基因组数据的分类和效应大小一致性 综上所述，时隔多年，重新回归的Greengenes2更加全面，使用一致的、综合的分类资源显著提高了使用不同数据类型的微...
本次更新后的Greengenes2数据库允许直接整合16S rRNA和宏基因组数据集,将其统一在一个参考树中,分析结果表明,由相同样本生成的16S rRNA和宏基因组数据在主坐标空间、分类学和表型效应大小方面一致。 Greengenes2的系统发育覆盖率远大于过去的资源(图1b),如SILVA、Greengenes和GTDB。过去在比对16s和宏基因组数据集上进...
本次更新后的Greengenes2数据库允许直接整合16S rRNA和宏基因组数据集,将其统一在一个参考树中,分析结果表明,由相同样本生成的16S rRNA和宏基因组数据在主坐标空间、分类学和表型效应大小方面一致。 Greengenes2的系统发育覆盖率远大于过去的资源(图1b),如SILVA、Greengenes和GTDB。过去在比对16s和宏基因组数据集上进...
没错,这是真的,沉积十年之后,多样性研究中最经典的16S数据库——Greengenes数据库,竟!然!更!新!了!惊不惊喜!意不意外!遥想当年小编还是一个小白研究生的时候,被师兄带入门接触到多样性研究,Greengenes数据库还是当时最火最核心的数据库,结果后继无力,被后浪拍在了沙滩上……时隔十年,本次更新的Greengenes2 202...
尤为关键的是，Greengenes2升级后的系统发育覆盖率远超前辈，如SILVA、Greengenes和GTDB，使得16S rRNA和宏基因组数据的整合更为无缝。V4区域的研究不再依赖于朴素贝叶斯方法，能提供更高的分辨率结果，并与Silva数据库相比，展现出了显著的属和物种水平一致性。总的来说，Greengenes2的全新升级不仅提升了微...
调科学家首次推出Greengenes2,这是一个庞大的参考数据库,可以用来协调、比较和组合来自16S核糖体RNA基因扩增子(16S)或鸟枪法shotgun宏基因组测序技术的微生物组数据。两种主要的测序数据不再分歧! 在2023年7月27日发表在《自然生物技术》上的一项研究中,加州大学圣地亚哥分校的科学家们领导的一项国际努力推出了一个名...
图1 | Greengenes2数据库覆盖信息以及使用Greengenes2实现16S扩增子与宏基因组结果一致性。 a:Greengenes2系统发育,ASV多分支折叠;树枝末端颜色表示在美国肠道计划(AGP)、地球微生物组计划(EMP),两者都有(Both)或两者都没有(Neither)。外圈颜色代表Top 20门; ...
图 微生物多样性16s rRNA物种注释常见的数据库有Silva数据库、RDP数据库以及Greengenes数据库。 微生物多样性16s rRNA物种注释常见的数据库有Silva数据库、RDP数据库以及Greengenes数据库。其中,Silva数据库因其拥有高质量的序列数据、广泛的物种覆盖范围、更新频率快等优势,近些年来被科研人员广泛使用。但是,由于缺乏标准...
更正一下,这里用的是RDP数据库,之前由于Silva数据库用的是不兼容的14级分类系统而没采用。 从图中可以看出,大部分序列还是集中在600以上。 接着是greengenes数据库,这个数据库虽然序列较少,但是长度大部分集中在1300+,质量较高,就是好久没更新过了。 150以内: 0 150-300: 0 300-600: 0 600-1300: 895 1300...
本次更新后的Greengenes2数据库允许直接整合16S rRNA和宏基因组数据集,将其统一在一个参考树中,分析结果表明,由相同样本生成的16S rRNA和宏基因组数据在主坐标空间、分类学和表型效应大小方面一致。 Greengenes2的系统发育覆盖率远大于过去的资源(图1b),如SILVA、Greengenes和GTDB。过去在比对16s和宏基因组数据集上...