基于DAVID富集分析结果,零代码在一张图里面用柱状图展示GO的BP,MF和CC的富集结果, 视频播放量 196、弹幕量 0、点赞数 7、投硬币枚数 0、收藏人数 3、转发人数 0, 视频作者 生信交流平台, 作者简介 生信博士,分享生信技能。合作请联系:,相关视频:单基因GO+KEGG富集分析
左侧代表显著性,右侧代表基因数,双侧条形图展示GO的3个分类:BP、CC和MF。同时通过AI也可以展示4种甚至更多。, 视频播放量 5177、弹幕量 1、点赞数 36、投硬币枚数 6、收藏人数 106、转发人数 15, 视频作者 微生信课堂, 作者简介 微生信,0代码在线绘制250+科研图,助力科
基因本体论(Gene Ontology,GO)计划(http://www.geneontology.org)为注释基因、基因产物和序列开发了一套结构化的、受控词汇表。它被分成三部分:分子功能(Molecular Function,MF)、生物过程(Biological Process,BP)和细胞组分(Cell Component,CC)。 GO功能富集分析结果,一般都会包含至少4列:GO term,基因数,P值和类别。
GO数据库是分别从细胞组分(cellular component, CC)、分子功能(molecular function, MF)、生物过程(biological process, BP)对基因产物进行了标准化描述。GO富集分析是对基因进行简单注释,进而了解差异基因富集在哪些生物学功能、途径或者细胞定位。所以GO是功能注释,即每个基因可能参与哪些pathway terms 或者 GO terms。G...
棒棒糖图展示GO富集分析结果。每个GO术语用一根竖线表示,竖线的高度为-log10(p),表示统计显著性。圆圈中的数字表示注释到特定GO术语的差异表达基因的个数。圆圈的颜色表示GO的3个类别:BP,CC,MF。 GO本体论简介 基因本体论(Gene Ontology,简称GO)是一个旨在提供标准化的基因和基因产物特性描述的生物信息学工具。目...
z-score:表示BP(/MF/CC)是更可能下降(负值)或者升高(正值) logFC:基因倍数变化 count:GO term包含的基因数 adj p:校正的P值 GO term,例如GO:0007507是heart development GOBar X轴是GO terms,Y轴是adj p,颜色代表z-score GOBubble X轴是z-score,Y轴是adj p。3种颜色代表3大类(BP,CC,MF),一个气泡...
R绘图笔记GO-BP,GO-MF,GO-CC绘制在同一个柱状图中。 前面介绍过一些图形的绘制,我们有时候进行GO富集分析,需要绘制富集结果,这里介绍怎么将GO-BP,GO-MF,GO-CC绘制到同一图形中。 library(ggplot2)library(RColorBrewer)display.brewer.all()color <- brewer.pal(3,"Dark2")colorl <- rep(color,each=10)...
bpc指的是股票分析软件中所使用到的一种数据库，在此数量计算之下可以清楚明白看到每天或者当前时期内价格运行轨迹与波动情况
BP指生物过程，描述基因或蛋白质参与的生物学活动，如细胞代谢、信号传导等。CC指细胞组成，用于描述基因或蛋白质所在位置和结构，如核内、线粒体等。MF指分子功能，表示基因或蛋白质具有的化学活性或能力，例如酶催化反应、DNA结合能力。这些术语来自GO框架，在研究中帮助科学家对功能进行注释与分类，并...
GO富集分析是生信文章中常用的一种技术。它可以对基因和基因产物按照其参与的BP(Biological Process,生物过程)、MF(Molecular Function,分子功能)、CC(Cellular Component,细胞组分)三个方面进行分类注释,大致了解某个物种的全部基因产物的功能分类情况,对基因进行注释和分类,将发生差异的基因富...