总结来看,BP、CC、MF分别从功能动态性(过程)、空间定位(结构)和分子机制(活性)三个维度解析基因功能。三者结合可全面揭示基因集在生物学系统中的角色,例如某癌症相关基因集可能在BP上富集“细胞增殖”、CC上定位“细胞膜”、MF上具有“激酶活性”,综合提示其通过膜信号转导...
GO富集分析主要涉及三个分支:生物过程(Biological Process,BP)、细胞组分(Cellular Component,CC)和分子功能(Molecular Function,MF)。下面将详细解释这三个分支在GO富集分析中的含义、应用方法,并提供相关的分析步骤、工具推荐及注意事项。 一、BP、CC、MF在GO富集分析中的含义 生物过程(BP): 描述生物学上发生的...
5.零代码GO富集分析—柱形图同时展示BP,MF,CC,KEGG 你看下面这篇文章,发表在scientific reports上。虽然被称为四大水刊之一,但是也毫不影响人家的影响因子上4.380。 下面就是这篇文章中的GO和KEGG富集分析图,眼尖的小伙伴应该一眼就能看出是用Excel画出来的。
一、GO-基因本体(从MBC三个角度描述基因) 1.MF-分子学功能(如胰岛素受体活性) 2.BP-生物学过程(如细胞分化) 3.CC-细胞组成(如存在于线粒体or线粒体基质等) FDR校正p值。看校正后的p值 二、pv,pa,q值的区分(百科) p-value是通过T检验产生的一个参数,它代表了两组样本之间的差异性。
二、同时有BP、MF、CC的柱形图 1. 图例 (一)模板 英文:GO/KEGG analysis of(). The GO terms included biological processes, cellular components, and molecular functions. Notably, () 中文:GO/ KEGG分析()。GO术语包括生物过程,细胞组分和分子函数。尤其,() ...
数据集数据集GSE35257和GSE121190中具有下调功能的差异表达基因 实验组和正常组差异表达基因的火山图 GO分析的BP、CC、MF三合一条形图 肾纤维化中差异表达基因的富集点气泡 肾纤维化中的差异表达基因的水平条形图 差异表达基因建立的PPI网络图 10个中心基因的相互作用图 相关文章1...
首先,你需要下载GO分析的结果文件,通常为一个表格文件,包含了bp、mf和cc的注释信息。 2. 整理数据 接下来,你需要对下载的数据进行整理,选择需要展示的GO分析结果并整理成适合绘制条形图的格式。 #代码示例```R#读取数据文件data <- read.csv("go_analysis.csv")#提取需要的数据bp_data <- data[data$Categor...
1.基因富集工具DAVID介绍(一)-基因ID转换 | 2.基因富集工具DAVID介绍(二)-KEGG富集分析 | 3.基因富集工具DAVID介绍(三)-零代码展示KEGG富集结果 | 4.基因富集工具DAVID介绍(四)-GO富集分析及柱形图展示 | 5.GO和KEGG富集分析视频讲解 | 6.KEGG富集分析—柱形图,气
5.零代码GO富集分析—柱形图同时展示BP,MF,CC,KEGG 你看下面这篇文章,发表在scientific reports上。虽然被称为四大水刊之一,但是也毫不影响人家的影响因子上4.380。 下面就是这篇文章中的GO和KEGG富集分析图,眼尖的小伙伴应该一眼就能看出是用Excel画出来的。 上面这张figure分了四张柱形图来分别展示BP,CC,MF和...
BP指生物过程，描述基因或蛋白质参与的生物学活动，如细胞代谢、信号传导等。CC指细胞组成，用于描述基因或蛋白质所在位置和结构，如核内、线粒体等。MF指分子功能，表示基因或蛋白质具有的化学活性或能力，例如酶催化反应、DNA结合能力。这些术语来自GO框架，在研究中帮助科学家对功能进行注释与分类，并...