再次打扰一下老师，根据老师上面的解答，我对于上述体系进行了pbc=xyz下的10nsNPT平衡，随后结合pbc=xy...
[-tu <enum>] [-fgroup <selection>] [-xvg <enum>] [-[no]rmpbc] [-[no]pbc] [-sf <file>] [-selrpos <enum>] [-seltype <enum>] [-bin <real>] [-norm <enum>] [-[no]xy] [-[no]excl] [-cut <real>] [-rmax <real>] [-surf <enum>] [-ref <selection>] [-sel <...
-[no]pbc (yes)Use periodic boundary conditions for distance calculation -sf <file> Provide ...
[-pbc<enum>] [-ur<enum>] [-[no]center] [-boxcenter<enum>] [-box<vector>] [-trans<vector>] [-shift<vector>] [-fit<enum>] [-ndec<int>] [-[no]vel] [-[no]force] [-trunc] [-exec<string>] [-split] [-[no]sep] [-nzero<int>] [-dropunder<real>] [-dropover<real>...
void Dssp::analyzeFrame(int frnr, const t_trxframe& fr, t_pbc* pbc, TrajectoryAnalysisModuleData* /* pdata */) void Dssp::analyzeFrame(int frnr, const t_trxframe& fr, t_pbc* pbc, TrajectoryAnalysisModuleData* pdata) { AnalysisDataHandle dhNum_ = pdata->dataHandle(ssNumPerFrame_...
pbc=xy (CG331 is just a methyl group carbon specific to my forcefield). 对于冻结,常用于固定晶核、基板以及牵引动力学中的参照点等设置中,同样在mdp文件中进行设置。需要注意的是在进行模拟前要对需要冻结的组分单独分组,并在grompp过程中使用-n选项读入索引文件,否则可能会导致无法识别冻结组的错误。冻结组...
第一步处理轨迹:gmx_mpi trjconv -f md.xtc -s md.tpr -o md_pbcwhole.xtc -pbc whole ,输出选0 System,得到的轨迹是whole的,二聚体在溶液中自由游走 第二步:选择一个二聚体中心的原子 gmx_mpi trjconv -f md_pbcwhole.xtc -s md.tpr -o md_pbcwhole_atom.xtc -pbc atom -center -n index....
看看editconf的输出, 注意体积的变化. 另外, 也看看protein-PBC.gro文件的最后一行(提示: 可使用命令tail -n 1 protein-PBC.gro). 在GROMACS格式(.gro)中, 最后一行指定单位晶胞的形状, 并总是使用三斜矩阵的表示方法, 其中前面的三个数字指定对角元素(xx, yy, zz), 后面的六个数字指定非对角元素(xy, xz...
# gmx hbond -s md.tpr -f md_noPBC.xtc -num nhb -hbn -n index.ndx # gmx hbond is ...
= 1.0 pbc = xy 复制代码 A分子结构如下，B分子具体结构抱歉不便展示。