gmx trjconv -f ../../prod/prod.xtc -s ../../prod/prod.tpr -o md_pbcmol_new.xtc -pbc atom -ur compact -center -n index.ndx # 首先选择group atom将1号原子放在盒子中心。然后选择输出整个system。 gmx trjconv -f md_pbcmol_new.xtc -s ../../prod/prod.tpr -o md_pbcwhole_new.x...
gmxtrjconv-ftraj_helix.xtc-otraj_helix_10-50ns.xtc-nXXXX_peptide_index.ndx-pbcnojump-dt100-b10000 为什么我们只分析最后40 ns的轨迹? 下面的命令会输出一个单一的.xtc文件, 其中包含以下列顺序排列的四个轨迹, bound-helix-polypro-extended. 这一顺序很重要因为后面要进行比较, 因此需要特别注意. -set...
10 是 再次打扰一下老师，根据老师上面的解答，我对于上述体系进行了pbc=xyz下的10nsNPT平衡，随后结合...
38 30 gmx distance -s new.pdb -f md_pbcfit_all_new.xtc -n index.ndx -oav -oall
input，但是我不用管道，直接执行gmx_mpi trjconv -f new.gro -s min.tpr -o test.gro -pbc ...
[-b ] [-e ] [-dt ] [-tu <enum>] [-fgroup <selection>] [-xvg <enum>] [-[no]rmpbc] [-[no]pbc] [-sf <file>] [-selrpos <enum>] [-seltype <enum>] [-select <selection>] [-[no]norm] [-[no]cfnorm] [-resnr <enum>] [-pdbatoms <enum>] [-[no]cumlt] Description...
Stacks钱包,由Hiro PBC开发,安全地管理您的STX资产,参与Stacking,并使用您的数字资产和身份与Stacks应用程序连接。 Stacks 钱包特别授权您在Stacks区块链上管理您的 STX 代币,因为这些代币与一个公开的 Stacks 地址和一个私人持有的“密钥”(也称为“种子”或“助记符”)相关联。 ”短语),作为您的唯一凭证。 1...
gmx msd [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]] [-o [<.xvg>]] [-mol [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-dt ] [-tu <enum>] [-fgroup <selection>] [-xvg <enum>] [-[no]rmpbc] [-[no]pbc] [-sf <file>] [-selrpos <enum>] [-seltype ...
echo1 0 | gmx trjconv -s md.tpr -f md.xtc -o md-nopbc.xtc -n index.ndx -pbc mol -center -ur compact 命令中的1和0分别是Protein组和System组,请根据实际情况做出调整。 MMPBSA计算还需要准备一个参数文件mmpbsa.in,可以...
，现要使用gmx计算每帧结构的MM能量，请问该如何操作了。2020版后gmx好像不能在mdp文件设置pbc=no来...