gmx trjconv -f md_pbcwhole_new.xtc -s ../../prod/prod.tpr -o md_pbcfit_all_new.xtc -fit rot+trans -n index.ndx # 首先选择蛋白进行对齐。然后选择蛋白进行输出(这个最后输出部分可自定义,我一般输出蛋白,因为这里只用观察蛋白结构。如果需要观察水分子,离子或者体系中其他组别,可将其输出)。
在mdp中冻结了固体相，跑完的轨迹胡乱连键（如图1），用gmx trjconv命令接-pbc nojump保持连续性，再...
输入了命令：gmx_19.3 trjconv -s md.tpr -f md.xtc -nindex.ndx -o md-mc.xtc -pbc mol ...
echo“q” | gmx make_ndx-fXXXX_peptide.gro-oXXXX_peptide_index.ndx 现在我们可以对我们新生成的轨迹进行截断, 使用trjconv去除前10 ns. -b选项设定要创建的新xtc文件的开始时间, 单位为ps, 这意味着我们需要新文件从10 ps开始. -dt选项指定我们要保留的时间精度. 当提示选择时, 选择Protein来生成xtc文件...
other formats have fixed precision..trroutput can be single or double precision, depending on the precision of thegmxtrjconvbinary. Note that velocities are only supported in.trr,.tng,.groand.g96files. Option-sepcan be used to write every frame to a separate.gro,.g96or.pdbfile. By ...
指令为:trjconv -s nvt.tpr -f nvt.xtc -o nvt_noPBC.xtc -pbc mol -ur compact其次,做一个index文件。指令是: make_ndx -f nvt.gro -o index.ndx最后,可以利用函数g_msd来进行MSD对time的作图。指令为:g_msd -f nvt_noPBC.xtc -s nvt.tpr -n -o msd.xvg也可以顺便计算扩散系数,具体的建议...
echo1 0 | gmx trjconv -s md.tpr -f md.xtc -o md-nopbc.xtc -n index.ndx -pbc mol -center -ur compact 命令中的1和0分别是Protein组和System组,请根据实际情况做出调整。 MMPBSA计算还需要准备一个参数文件mmpbsa.in,可以...
指令为:trjconv-snvt.tpr-fnvt.xtc-onvt_noPBC.xtc-pbcmol-ur compact 其次,做一个index文件。 指令是:make_ndx-fnvt.gro-oindex.ndx 最后,可以利用函数g_msd来进行MSD对time的作图。 指令为:g_msd-fnvt_noPBC.xtc-snvt.tpr-n -omsd.xvg 也可以顺便计算扩散系数,具体的建议直接上网去查找g_msd等其...
For others encountering this issue, my mistake was that when I visualize the trajectory prior to running, by habit and without thinking I use the "gmx trjconv -pbc cluster -center ..." options. This of course fixed hides any PBC issues in the output .pdb file that I visualize without ac...
第一步处理轨迹:gmx_mpi trjconv -f md.xtc -s md.tpr -o md_pbcwhole.xtc -pbc whole ,输出选0 System,得到的轨迹是whole的,二聚体在溶液中自由游走 第二步:选择一个二聚体中心的原子 gmx_mpi trjconv -f md_pbcwhole.xtc -s md.tpr -o md_pbcwhole_atom.xtc -pbc atom -center -n index....