1、gmx hbond工具进行氢键分析分析时，得到两列数据：@ title "Hydrogen Bond Distribution"@ xax...
gromacs命令测试3-gmx hbond分析氢键 关于大家对理论基础的不感兴趣 以及只想关心软件操作命令 那么后期有时间会将软件操作命令陆续测试发出 如有愿意也可一同参加 整理内容看参与者心情 希望大家帮忙转发及分享 后续该资料加微信并转发领取 资料都是免费的
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使用gmx hbond -ac命令想要分析氢键的稳定性，系统轨迹是100ns，但是得到的xvg文件中只分析到了49999（...
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gromacs教程25-gmx hbond氢键分析,于2023年11月21日上线。西瓜视频为您提供高清视频,画面清晰、播放流畅,看丰富、高质量视频就上西瓜视频。
gmxhbond-f-s-numhydrogen-bonds-strand.xvg-nmy_index.ndx 注意, 你必须根据自己的多肽替换上面命令中的数字. 根据氢键分析, 你的多肽在模拟过程中是否形成类似β发卡的构象? 2. 二级结构 判定蛋白结构的最常用参数是指定二级结构元素, 如α螺旋, β片层. 能提供这一信息的一个程序是dssp, 但前提是你的电脑...
gmx hbond [-f[<.xtc/.trr/...>]] [-s[<.tpr>]] [-n[<.ndx>]] [-num[<.xvg>]] [-g[<.log>]] [-ac[<.xvg>]] [-dist[<.xvg>]] [-ang[<.xvg>]] [-hx[<.xvg>]] [-hbn[<.ndx>]] [-hbm[<.xpm>]] [-don[<.xvg>]] [-dan[<.xvg>]] [-life[<.xvg>]] [-nhb...
The input file can be taken directly from gmx hbond -ac, and then the same result should be produced. Option -fitfn performs curve fitting to a number of different curves that make sense in the context of molecular dynamics, mainly exponential curves. More information is in the manual. To...
首先来分析体系中可能存在的氢键, 这可以借助gmx hbond完成, 其输出结果中给出了所有可能的氢键涉及原子的编号, 由此我们可以推知每条氢键的信息, 并统计每条氢键的占据度. 氢键有两个维度, 一个能否存在, 一个是占据度. 最强的氢键则是占据度大的, 基本存在, 存在几率很小, 在模拟过程中, 也起不到太大作用...