gromacs教程25-gmx hbond氢键分析,于2023年11月21日上线。西瓜视频为您提供高清视频,画面清晰、播放流畅,看丰富、高质量视频就上西瓜视频。
1、gmx hbond工具进行氢键分析分析时，得到两列数据：@ title "Hydrogen Bond Distribution"@ xax...
而且不同程序对氢键键角的定义往往不同，比如VMD和gmx hbond ...gromacs可以分析氢键的lifetime，能不...
若间隔>400ps，则还是出现shrunk too much，偶尔还会有段错误的情况，这是我执行的具体命令：gmx hbond ...
Jun 2, 2023 markdeep.js regular Aug 27, 2019 gmxtools scripts/programs/utilities/tools for GROMACS Introduction Tools Introduction This is a collection of the tools I used for GROMACS. Hope it helps for you as well. If you use one/some of the tools for your publication(s), I will appre...
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hbond.ndx topol.tpr x2scrap.m gmx_ir gmx_mmpbsa gmx_puckering jscss matchmol model pipistack remd_tgenerator wvmd xff xpm2all README.md _config.yml index.html markdeep.js Latest commit Cannot retrieve latest commit at this time.
GROMACS氢键分析工具hbond的使用及扩展 使用gnuplot绘制氢键数据的平行轴图 gmx_hbdat.bsh hbdat_1crn.zip remd_tgenerator
@@ -1298,6 +1314,7 @@ void SecondaryStructures::calculateHBondEnergy(ResInfo* donor, class Dssp : public TrajectoryAnalysisModule { public: Dssp(); void initOptions(IOptionsContainer* options, TrajectoryAnalysisSettings* settings) override; void optionsFinished(TrajectoryAnalysisSettings* settings) over...
首先来分析体系中可能存在的氢键, 这可以借助gmx hbond完成, 其输出结果中给出了所有可能的氢键涉及原子的编号, 由此我们可以推知每条氢键的信息, 并统计每条氢键的占据度. 氢键有两个维度, 一个能否存在, 一个是占据度. 最强的氢键则是占据度大的, 基本存在, 存在几率很小, 在模拟过程中, 也起不到太大作用...