gromacs教程25-gmx hbond氢键分析,于2023年11月21日上线。西瓜视频为您提供高清视频,画面清晰、播放流畅,看丰富、高质量视频就上西瓜视频。
1. 氢键 氢键数目是一类信息丰富的性质, 无论是内部氢键(蛋白-蛋白)还是蛋白和周围溶剂之间的氢键. 氢键存在与否可以通过氢键施体-H-受体之间的距离和施体-H-受体之间角度来推断. hbond命令可计算模拟过程中分子间或组间的氢键数目以及氢键距离或角度的分布. 使用下面的命令, 然后查看得到的输出文件 echo1 1 | ...
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gmxhbond-f-s-numhydrogen-bonds-strand.xvg-nmy_index.ndx 注意, 你必须根据自己的多肽替换上面命令中的数字. 根据氢键分析, 你的多肽在模拟过程中是否形成类似β发卡的构象? 2. 二级结构 判定蛋白结构的最常用参数是指定二级结构元素, 如α螺旋, β片层. 能提供这一信息的一个程序是dssp, 但前提是你的电脑...
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