install.packages("ggtree") 1. 如果你已经安装了ggtree包,可以使用以下命令来加载它: library(ggtree) 1. 绘制进化树 使用ggtree包,可以轻松地绘制进化树图像。首先,需要加载一个进化树的文件。ggtree支持多种进化树文件格式,包括Newick、Nexus和PhyloXML等。以下是一个加载进化树的例子: tree <- read.tree("tree...
remotes::install_github("YuLab-SMU/ggtreeExtra") if (!requireNamespace("BiocManager", quietly=TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("ggtreeExtra") BiocManager::install("ggstar") # 下载"ggstar","ggplot2","ggtree","treeio","ggnewscale"包 install.packages("ggstar") instal...
ggradar包的安装 devtools::install_github("ricardo-bion/ggradar", dependencies=TRUE) 1. 照例ggplot2 这类扩展主题包是需要通过 github 来安装的。 绘图:以 mtcars 数据集为例 #加载相关扩展包 library(ggradar) suppressPackageStartupMessages(library(dplyr))library(scales) #利用dplyr管道操作符重组绘图对象 mt...
beast_file <- system.file("examples/MCC_FluA_H3.tree", package="ggtree") # 读取beast树文件 beast_tree <- read.beast(beast_file) # 读取多序列比对文件 fasta <- system.file("examples/FluA_H3_AA.fas", package="ggtree") # 展示多序列比对信息 msaplot(ggtree(beast_tree), fasta) ...
install.packages("BiocManager")BiocManager::install("ggtree") 这个时候再运行上面提到的例子就可以直接得到结果 library(ggtree)hc<-hclust(dist(mtcars))ggtree(hc) image.png 基本的美化 把树的形状改为圆形,添加样本的名称 ggtree(hc,layout = "circular")+ ...
geom_text(aes(label=B), hjust=-.5)+# 添加标签B,并将水平位置调整为左对齐 xlim(-0.01,0.3) 参考书籍:余光创, R实战 系统发育树的数据集成操作及可视化(2023) 第5章 系统发育树注释 #2#phytools根据node位置来进行注释 ## load the phytools package ...
require(package,character.only=T, quietly=T)) { install.packages(package) library(package, character.only=T) } } 数据清洗 代码语言:javascript 复制 df <- read_tsv("data.xls") %>% pivot_longer(-gene) %>% mutate(group=case_when(value == 0 ~ "not regulated", name=="CNA" & value...
install.packages("BiocManager")BiocManager::install("ggtree") AI代码助手复制代码 这个时候再运行上面提到的例子就可以直接得到结果 library(ggtree)hc <-hclust(dist(mtcars))ggtree(hc) AI代码助手复制代码 image.png 基本的美化 把树的形状改为圆形,添加样本的名称 ...
install.packages("BiocManager")BiocManager::install("ggtree") 这个时候再运行上面提到的例子就可以直接得到结果 代码语言:javascript 复制 library(ggtree)hc<-hclust(dist(mtcars))ggtree(hc) image.png 基本的美化 把树的形状改为圆形,添加样本的名称
BiocManager::install("ggtree") # GitHub devtools::install_github("GuangchuangYu/treeio") 2. 系统进化树(Phylogenetic Tree)介绍 系统发育树用于描述一组生物之间的系谱关系,可以根据生物的遗传序列构建。如图2所示,一个有根的系统发育树代表了一种进化历史模型,该模型由树节点之间的祖先-后代关系以及“sister”或...