参考资料:使用ggClusterNet一条代码计算网络模块内连通度(Zi)和模块间连通度(Pi)--微生信生物
“C:/Users/wentao/Desktop/ggClusterNet-master/“ 指的是安装包的存放位置。 开发安装 手动从github下载ggClusterNet安装包,或者从百度网盘备份链接下载安装包。进入到ggClusterNet-master文件夹内: 找到ggClusterNet.Rproj文件,并使用Rstudio打开 在Rstudio右上...
当时我就自己用了一下,没有放到ggClusterNet里面,昨天到今天我重新写了一下,从此开始多网络比对,facet之间绘图的新篇章;还是要提醒大家一下,使用下面代码之前先更新ggClusterNwet包;还有就是这个功能只是初步功能,我应该会在接下来的一个月内进行大量的更新;...
Comate理解你的需求是希望了解如何安装ggClusterNet这个R包。不过,值得注意的是,ggClusterNet是一个R包,而不是Python库,因此安装方式和验证方法将基于R环境而非Python。以下是针对ggClusterNet安装的详细步骤: 1. 确认R和RStudio环境已安装并配置好 首先,确保你的系统上已经安装了R和RStudio。如果没有安装,可以从以下...
library(ggClusterNet) library(tidyverse) library(phyloseq) #---计算相关#--- result = cor_Big_micro(ps = ps, N = 2000, # method.scale = "TMM", r.threshold=0.5, p.threshold=0.05, method = "spearman" ) #--提取相关矩阵 ...
如下展示了ggClusterNet的分析流程: 图1分析流程图 二、基本知识 图2 ggClusterNet中网络可视化的十种布局算法 ggClusterNet特点之一就是提供了十种可供选择的可视化布局,这大大减少了网络绘制的时间和难度,提升科研效率,如下详细介绍了十种网络图特点。 randomClusterG: 随机布局,环状模块。模块(组)的所有节点都排列成...
今天小果学习一下ggClusterNet这个包,进行共线网络的绘制,代码如下: 安装需要的R包 install.packages(“igraph”) install.packages(“ggplot2”) install.packages(“phyloseq”) install.packages(“sna”) install.packages(“devtools”) install.packages(“tidyfst”) ...
导入ggClusterNet和其他R包 ggClusterNet目前只能在github上有,从这里安装得到。 # library(ggClusterNet) library(phyloseq) library(sna) library(tidyverse) library(igraph) corMicro 函数用于计算相关关系 data(ps) result = corMicro (ps = ps,N =0.0008,r.threshold=0.7,p.threshold=0.05,method ="pearson"...
今天跟小果学习一下ggClusterNet这个包,进行共线网络的绘制 代码如下: 安装需要的R包 install.packages(“igraph”)install.packages(“ggplot2”)install.packages(“phyloseq”)install.packages(“sna”)install.packages(“devtools”)install.packages(“tidyfst”)devtools::install_github("taowenmicro/ggClusterNet")...
iMeta | ggClusterNet微生物网络分析和可视化保姆级教程mp.weixin.qq.com/s/iE2vojy4NkaOSb8hxGFG6Q 一、 检查R和Rstudio的版本,我原本使用的是R 4.1.2,安装过程中发现很多包都是构建在4.2版本上的,因此需要将R和Rstudio都更新到4.2版本; 二、 除了文中提到的R包,其实还有很多包需要安装。我依次安装的...