今天小果学习一下ggClusterNet这个包,进行共线网络的绘制,代码如下: 安装需要的R包 install.packages(“igraph”) install.packages(“ggplot2”) install.packages(“phyloseq”) install.packages(“sna”) install.packages(“devtools”) install.packages(“tidyfst”) devtools::install_github("taowenmicro/ggCluste...
●2022年6月13日,南农沈其荣团队在iMeta在线发表了题为“ggClusterNet: An R package for microbiome network analysis and modularity-based multiple network layouts”的文章。 ● 该文章开发了名为ggClusterNet的R包,展示微生物网络模块化信息,用于微生物网络数据挖掘和跨域网络数据挖掘。 ● 第一作者:文涛,谢鹏昊...
当时我就自己用了一下,没有放到ggClusterNet里面,昨天到今天我重新写了一下,从此开始多网络比对,facet之间绘图的新篇章;还是要提醒大家一下,使用下面代码之前先更新ggClusterNwet包;还有就是这个功能只是初步功能,我应该会在接下来的一个月内进行大量的更新;...
代码如下: 安装需要的R包 install.packages(“igraph”)install.packages(“ggplot2”)install.packages(“phyloseq”)install.packages(“sna”)install.packages(“devtools”)install.packages(“tidyfst”)devtools::install_github("taowenmicro/ggClusterNet")install.packages(“tidyverse”) 导入需要的R包 library(igr...
library(ggClusterNet) data(ps) 使用WGCNA计算相关 速度较快,直接使用全部OTU进行操作。 #--设定显著性阈值 p.threshold = 0.05 r.threshold = 0.85 x = ps %>% # scale_micro(method = "TMM") %>% vegan_otu() %>% t() %>% as.data.frame() ...
library(ggrepel) library(ggClusterNet) #---导入数据#--- ps = readRDS("../ori_data/ps_liu.rds") corMicro函数用于计算相关 按照丰度过滤微生物表格,并计算相关矩阵,按照指定的阈值挑选矩阵中展示的数值。这里我们换用spearman计算相关性 #---微生物...
remotes::install_github("taowenmicro/ggClusterNet") 导入所需R包 library(phyloseq) library(ggClusterNet) library(tidyverse) 本次使用的微生物组数据和环境因子数据介绍: # 微生物组数据为内置的phyloseq对象,如果大家需要导入自己的数据可以使用函数readRDS()导入; ...
因此,我们开发了名为ggClusterNet的R包,用于更加容易的进行网络数据分析挖掘和可视化。在ggClusterNet包中设计了数十种网络布局算法用于更好的展示微生物网络模块化信息(randomClusterG, PolygonClus-terG, PolygonRrClusterG, ArtifCluster, randSNEClusterG, PolygonModsquar-eG, PolyRdmNotdCirG, model_Gephi.2, ...
原始教程链接:https://github.com/iMetaScience/iMetaPlot/tree/main/221120ggClusterNet-occurrence_network 如果您使用本代码,请引用: Zeyu Zhang. 2022. Tomato microbiome under long-term organic and conventional farming. iMeta 1: e48. 和Tao Wen. 2022. ggClusterNet: An R package for microbiome netwo...
我在ggClusterNet包中加入了一个phyloseq封装的微生物组数据,这份数据来自刘永鑫老师的示例文件。这里直接使用data()提取即可 data(ps) 网络分析一网打尽 为什么说是一网打尽呢,我使用了network函数打包了ggclusterNet封装的各种功能,一般情况下网络所需要的内容都基本上囊括了,一条代码即可分析完成网络,并且可以按照分组...