ggsave("zipiplot.svg",width = 12, height = 7,dpi=1000) 参考资料:使用ggClusterNet一条代码计算网络模块内连通度(Zi)和模块间连通度(Pi)--微生信生物
使用R包ggClusterNet请引用:Tao Wen, Penghao Xie, Shengdie Yang, Guoqing Niu, Xiaoyu Liu, Zhexu Ding, Chao Xue, Yong-Xin Liu, Qirong Shen, Jun Yuan. 2022. ggClusterNet: An R package for microbiome network analysis and modularity-based multiple ne...
大家可以尝试下。 ggClusterNet跟新sparcc算法 R 设置p值需要迭代的次数 ncpus 设置可以使用的cpu数量 本次根跟新需要安装SpiecEasi’: devtools::install_github('zdk123/SpiecEasi') library(SpiecEasi) library(ggClusterNet) library(ti...
当然其他水平的微生物之间相互作用也可以做,就看你的选择! 实战 准备数据 将数据过滤到200个左右,降低运行时间。 library(ggClusterNet) data(ps) ps_sub = filter_taxa(ps, function(x) sum(x ) > 500 , TRUE);ps_sub #筛选序列数量大于1的 # phyloseq-class experiment-level object # otu_table() OT...
library(ggClusterNet) library(tidyverse) 本次使用的微生物组数据和环境因子数据介绍: # 微生物组数据为内置的phyloseq对象,如果大家需要导入自己的数据可以使用函数readRDS()导入; ps # phyloseq-class experiment-level object # otu_table() OTU Table: [ 2861 taxa and 18 samples ] ...
library(ggClusterNet) library(tidyverse) library("ggalt") 网络性质计算 # usethis::use_data(igraph, overwrite = TRUE) data(igraph) reslt = net_properties(igraph) write.csv(reslt,"netproperties.csv") 节点性质计算 节点的性质可以映射到图形上。方便使用。
library(ggClusterNet) data(ps) 使用WGCNA计算相关 速度较快,直接使用全部OTU进行操作。 #--设定显著性阈值 p.threshold = 0.05 r.threshold = 0.85 x = ps %>% # scale_micro(method = "TMM") %>% vegan_otu() %>% t() %>% as.data.frame() ...
之前我看到microbiomeSeq编写了这些函数,同时将zipi plot做的更加精细一些,但是代码实在是太难用了,尤其是包冲突事件实在是太多,所以我不得已将他的函数做了修改,并放到ggClusterNet包中,后面我会直接重写到ggClusterNet中,方便大家使用。 模块内连通度(Zi)和模块间连通度(Pi)的定义 ...
ggClusterNet跟新sparcc算法 R 设置p值需要迭代的次数 ncpus 设置可以使用的cpu数量 本次根跟新需要安装SpiecEasi’: devtools::install_github('zdk123/SpiecEasi') library(SpiecEasi) library(ggClusterNet) library(tidyverse) library(phyloseq) data(ps) ...