ggClusterNet位于github中,对于有些朋友而言,具有很大的安装难度。下面介绍三种安装方式。 常规安装 devtools::install_github("taowenmicro/ggClusterNet") 本地安装 手动从github下载ggClusterNet安装包,或者从百度网盘备份链接下载安装包。安装下面本地安装方式进行...
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require("BiocManager"))install.packages("BiocManager")if(!require("phyloseq"))BiocManager::install("phyloseq")if(!require("devtools"))install.packages("devtools")if(!require("ggClusterNet"))devtools::install_github("taowenmicro/...
今天小果学习一下ggClusterNet这个包,进行共线网络的绘制,代码如下: 安装需要的R包 install.packages(“igraph”) install.packages(“ggplot2”) install.packages(“phyloseq”) install.packages(“sna”) install.packages(“devtools”) install.packages(“tidyfst”) devtools::install_github("taowenmicro/ggCluste...
目前,ggClusterNet在github(github.com/taowenmicro/),Gitee(gitee.com/wentaomicro/g)上开放使用。完整的说明和示例在wiki页面可以阅读。 关键词:微生物组, 网络分析, R包, 可视化 亮点 ● ggClusterNet用于挖掘微生物网络和跨域网络,同时提供数十种基于模块化展示的网络布局算法,适应微生物组网络挖掘 视频解读 i...
安装ggClusterNet可以通过GitHub进行安装。使用devtools包中的install_github函数来完成这一操作: R # 安装devtools包(如果尚未安装) install.packages("devtools") # 加载devtools包 library(devtools) # 安装ggClusterNet if (!requireNamespace("ggClusterNet", quietly = TRUE)) { remotes::install_github("taowenmi...
install.packages(“igraph”)install.packages(“ggplot2”)install.packages(“phyloseq”)install.packages(“sna”)install.packages(“devtools”)install.packages(“tidyfst”)devtools::install_github("taowenmicro/ggClusterNet")install.packages(“tidyverse”) ...
使用ggclusternet包计算zipi,参考自微生信公众号方法。 之前的函数不好用了,不要再索取zipi.r了,反馈都算不出来,用ggclusternet的方法吧 devtools::install_github("taowenmicro/ggClusterNet") library(ggClusterNet) library(phyloseq) library(igraph) library(psych)...
目前,ggClusterNet在GitHub: https:///taowenmicro/ggClusterNet/ ,Gitee(https://gitee.com/wentaomicro/ggClusterNet)上开放使用。完整的说明和示例在wiki页面可以阅读。 ggClusterNet用于挖掘微生物网络和跨域网络,同时提供数十种基于模块化展示的网络布局算法。适应微生物组网络挖掘。 环境配置 R语言和Rstudio安装 R...
为了更加快捷挖掘网络,进一步将这些功能封装整合成两个函数network.2() 和 corBionetwork(),分别用于微生物网络数据挖掘和跨域网络数据挖掘。目前,ggClusterNet在github(https:///taowenmicro/ggClusterNet/),Gitee(https://gitee.com/wentaomicro/ggClusterNet)上开放使用。完整的说明和示例在wiki页面可以阅读。