gff.gff_to_gtf(file="./test.gff") 结果评价 我们使用小鼠NCBI-mm10版本进行评测,统计结果如下,结果显示cufflinks-gffread 和UCSCtools-gff3ToGenePred基本上会丢失很多的feature-type,基本上只留下了CDS和exon,python3-bioinfokit可以多保留一些,包括miRNA、transcript等信息,但都不尽如人意,在复杂的结构注释情况...
On the other hand I do realize that gffread still has some shortcomings when it comes to GFF3 output and I am willing to work on improving this GFF3 output (but not GTF). In my opinion GTF is (or should be) obsolete and should not be used (even adding a "transcript" feature line ...
#GFF3_to_GTF.pl #Usage: GFF3_to_GTF.pl -options <filename> usestrict; useGetopt::Long; usecarp; my$file;#File name of input (GFF3 format) my$file_root;#Root of file name (i.e. name minus .gff3) my$outfile;#Output file name (root.gtf) ...
使用conda安装:conda install -c bioconda gffread #gff3 to gtf gffread all.gff3 -T -o all.gtf #gtf to gff3 gffread all.gtf -o- > all.gff3
安装好之后,一条命令搞定 gffread HC.gff3 -T -o HC.gtf 反过来也可以 gffread HC.gtf -o HC.gff3 如果没有linux系统,那么可以采用biopython 详见: https://cloud.tencent.com/developer/article/1727772 pip install bioinfokit >>>frombioinfokit.analysimportgff>>>gff.gff_to_gtf(file="Athaliana_167...
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information. >>> from bioinfokit.analys import gff >>> gff.gff_to_gtf(file="Athaliana_167_TAIR10.gene_chr1.gff3") 转换完成之后你就会得到Athaliana_167_TAIR10.gene_chr1.gtf文件。
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information. >>> from bioinfokit.analys import gff >>> gff.gff_to_gtf(file="Athaliana_167_TAIR10.gene_chr1.gff3") 转换完成之后你就会得到Athaliana_167_TAIR10.gene_chr1.gtf文件。
病毒的基因组比较小,通常不会像大型基因组那样释放的时候带有gff3和gtf文件,此时如果我们想获得病毒的gff可以在send to中选择保存文件的格式: 通过这个方式保存的gff格式如下: 其中第三列feature并不符合许多软件识别的格式,可以自行进行修改。
join(PTC_true_072822,hg_symbols,by="ensembl_transcript_id_version")2.3 用GTF文件进行注释 load(...
gfftobed 转换GFF3 / GTF到BED 该程序采用GFF3或GTF(基于1)格式的输入基因组注释,并将特定特征转换为6列BED格式(基于0),同时保留注释文件属性列的任何所需字段。 当需要围绕特定特征和唯一ID的基因组间隔时,此功能很有用。 它还可以在每个功能周围添加一个窗口。 处