gffread gff转gtf 文心快码BaiduComate 针对你的问题“gffread gff转gtf”,我会按照提供的tips来详细解答。 1. 理解GFF和GTF文件格式及其差异 GFF(General Feature Format):是一种用于描述核酸序列(如DNA或RNA)特征的文本文件格式。它包含了序列的注释信息,如基因、外显子、内含子等的位置和属性。 GTF(Gene ...
2.5 gtf转gff $ gffread-LCE10g_v2.0.gtf-o v2.0.gff 2.6 查看gffread具体参数 $ gffread-h Usage:gffread[-g<genomic_seqs_fasta>|][-s<seq_info.fsize>][-o<outfile.gff>][-t<tname>][-r[[<strand>]<chr>:]<start>..<end>[-R]][-CTVNJMKQAFGUBHZWTOLE][-w<exons.fa>][-x<cds.fa>...
003、将注释文件gff格式转换为gtf格式 [root@pc1 test]#ls ## 测试gff文件GCF_001704415.2_ARS1.2_genomic.gff [root@pc1 test]#/home/software/gffread/gffread-0.12.7.Linux_x86_64/gffread GCF_001704415.2_ARS1.2_genomic.gff -T -o result.gtf ## 转换程序[root@pc1 test]#ls ## 转换结果GCF_00170...
1. gffread gffread是由cufflinks的开发团队提供的一款读取gff文件的工具,可以实现gff文件转换为gtf文件,用法如下 代码语言:javascript 复制 gffread-TGCF_000001405.38_GRCh38.p12_genomic.gff-o hg38.gtf 生成的gtf示例如下 代码语言:javascript 复制 NC_000001.11BestRefSeq exon1187412227.+.transcript_id"rna0";gene...
GFF文件转化为GTF并用于featureCounts计数 有时候进行比对的物种没有GTF文件,需要转化GFF为GTF文件才能用于featureCounts计数,这时需要用到gffread这个软件,进行以下操作: conda install -y -c bioconda gffread gffread genomic.gff -T -o genomic.gtf
gffread -E Arabidopsis_thaliana.TAIR10.53.gtf -o-\|less gff-gtf 格式转换 gtf 转换为 gff: gffread -L Arabidopsis_thaliana.TAIR10.53.gtf -o test.gff 如果你的 gtf 来自 ensembl,可以加-L 参数 gff 转换为 gtf: gffread -T Arabidopsis_thaliana.TAIR10.53.gff3 -o test.gtf ...
那么如何安装gffread这个工具呢 1.首先安装conda https://www.anaconda.com/products/individual 可以根据自己的操作系统选择相应的版本 2. 通过conda安装gffread conda install -c bioconda gffread 3.格式转换,下面这一条命令就可以将gff3格式的注释文件转换成gtf格式的文件了。
gffread 生成的gtf文件中只提供了exon和CDS这两种类型的结构信息,第九列的属性也只有transcript_id, gene_id, gene_name这3种属性,最关键的是, 这些ID没有任何含义,我们更想要的是基因的Entrez ID和转录本的RefSeq 编...
https://github.com/gpertea/gffread 下载后tar -zxvf解压后就能够使用,解压后程序列表: /cufflinks-2.2.1/gffread -T my.gff -o my_gffread.gtf, 生成的gtf文件有164210行信息,如下图,只保留了exon和CDS的信息,而它源自的gff文件有220938行信息,少了gene、mRNA行的信息;相比于ncbi上原下载的gtf文件,少了...
从结果上可以看出,gffread输出的是其定义后的gff3格式的文件,与输入的相比没有了feature为gene的行,attribures列也变得较为省略 如:gff转化为gtf gffread gencode.vM13.annotation.gff3 -T -o tmp.gtf 输入文件如下: chr1 HAVANA exon 3073253 3074322 . + . transcript_id"ENSMUST00000193812.1"; gene_id"...