准备需要转换的GTF文件: 确保你有一个GTF格式的文件,例如annotation.gtf。 使用gffread命令进行文件格式转换: 使用gffread命令将GTF文件转换为GFF格式。命令格式如下: bash gffread annotation.gtf -o annotation.gff3 这里,annotation.gtf是输入文件,annotation.gff3是输出文件。 检查转换后的GFF文件: 转换完成后,检查...
[root@pc1 gffread]#cd gffread-0.12.7.Linux_x86_64/ ## 进入解压后生成的目录[root@pc1 gffread-0.12.7.Linux_x86_64]#ls ## 不用编译,可以发现课执行程序gffreadLICENSE README.md 003、将注释文件gff格式转换为gtf格式 [root@pc1 test]#ls ## 测试gff文件GCF_001704415.2_ARS1.2_genomic.gff [root...
GFF格式主要是用来注释基因组 GTF主要是用来对基因进行注释,比如基因在染色体上的位置(coordinate)及这段区间的其他信息。 两者在内容上前八列相同,最后一列信息显示不一致,gff文件格式如下: seqid- name of the chromosome or scaffold; chromosome names can be given with or without the 'chr' prefix.Important...
##还可以利用gffread提取参考基因组文件中的转录本,与上面提取CDS序列类似 gffread Lactuca_sativa_lettuce.gtf -g lettuce_genome.fa -w transcripts.fa 2.2 我们还可以使用gffread实现gff文件和gtf文件格式转换 #gff to gtf gffread Lactuca_sativa_lettuce.gff -T -o Lactuca_sativa_lettuce.gtf #gtf to gff gf...
is a GFF file, use '-' if the GFF records will be given at stdin 常用参数介绍: -g 序列文件,即GFF/GTF文件第一列ID对应的序列文件。 -i 丢弃掉内含子大于的转录本(mRNA/transcript) -r 起始和终止位置,填写示例100.10000即为输出与100到10000有重叠的所有转录组,也可以限制序列ID及链,填写示例:+...
首先了解一下GTF/GFF的格式 https://asia.ensembl.org/info/website/upload/gff.html 两者的关系如下 安装如下：程序是c++编写的因此并不需要预装一些包，当然也可以使用conda安装。使用的例子如下：程序非常简约，通过 man gffread 查看使用说明 github地址 https://github.com/gpertea/gffread ...
grep ENSG00000141510 gencode.v38.annotation.gtf > TP53.gtf gffread -w TP53_transcripts.fa -g /path/to/GRCh38_primary_assembly.fa TP53.gtf 值得注意的是这一步如果有索引文件会快很多,如果没有gffread会自动帮你进行,前提是你已经安装好了samtools,你也可以自己先构建来加快提取速度 samtools faidx GRCh38...
gffread这工具,官网的定义为used to generate a FASTA file with the DNA sequences for all transcripts in a GFF file,在知道这工具前,我做这个操作是自己写的perl脚本,但是从运行效率上来说,还是这工具快。。。 比如一个很常见的需求,对于stringtie组装后的gtf文件,想将组装后的转录本的序列从对应的参考基因...
gffread - gtf/gff文件转fasta序列 今天有一个需求,就是要将gtf中的转录本转成fasta序列,一开始是想着用bedtools getfasta实现,awk取出来坐标做成bed文件输入bedtools,但是结果发现bedtools是单纯按照坐标取出来的,也懒得自己写脚本取了,搜一下发现cufflinks中有个程序可以实现。
GFF/GTF utility providing format conversions, filtering, FASTA sequence extraction and more. More details and usage examples can be found in the paperDOI: 10.12688/f1000research.23297.1which can be also used to cite this software. The official webpage with download packages for this utility can be...