图5 利用Excel绘图 图6 GO Term图 图7 调整后的GO Term图 同样地,利用GraphPad也可以完成类似图形的绘制。选择Column的绘制工具,将GO Term和-log10(p-value)这两列数据转置录入(如图8所示)。点击Graphs下的Data1,并按图9所示修改图片类型(为横置的柱图),最终结果如图10所示。调整颜色并将横坐标补充完整,调整...
首先，导入DAVID数据库的文本结果到Excel，选择GO Term和p-value列（如图3所示）。计算-log10(p-value)值，然后用Excel的柱状图工具（图4到图6）绘制，确保按值的大小排列，调整柱子顺序以突出高值GO Term。GraphPad中，通过Column绘制工具（图8），选择GO Term和-log10(p-value)数据，转置后（图9...
Gene Ontology Analysis:基因本体论分析.pdf,Lecture 21 Gene Ontology Analysis MCB 416A/516A Statistical Bioinformatics and Genomic Analysis Prof. Lingling An Univ of Arizona Last time: §? R code for cluster analysis ?? Why need do scaling? ?? Advanced he
gene ontology analysisgene ontology analysis 基因本体分析(GeneOntologyanalysis)是一种生物信息学方法,用于概括和比较基因组的基因产物的功能,进而发现研究和揭示疾病与基因组间的联系。注释基因本体是将生物学概念与基因表达资料或基因产物相关联起来进行基因功能和表型分析的一种常用手段。基因本体分析旨在更好地理解和...
GeneOntologyAnalysis：基因本体论分析
gene ontology enrichment analysis GeneOntology富集分析(GeneOntologyEnrichmentAnalysis)是一种生物信息学分析方法,用于解释基因集中的生物学功能和过程。在基因表达、蛋白质组学等研究中,通常会得到大量基因或蛋白质列表,这些基因或蛋白质在不同的功能或过程中发挥着不同的作用。通过进行基因集的富集分析,可以帮助研究...
gene ontology enrichment analysis 基因本体富集分析(gene ontology enrichment analysis)是一种用来分析不同基因集间的差异性的方法,可以帮助研究人员识别出与某些生物学过程相关的基因及其功能。本文将分步骤阐述常见的基因本体富集分析流程。 第一步:选取适当的基因集和背景集 在进行基因本体富集分析前,需要确定一个...
Gene Ontology 数据库(简称GO数据库)就是针对这一需求发展而来的。GO数据库主要分为三个主要领域: a) 分子功能 molecular function(简称 MF)记录基因产物的分子功能 b) 细胞组成 cellular component (简称CC)记录基因产物的产生活性的位置 c) 生物过程 biological process(简称BP)记录由多个基因产物构成的通路和生化...
>sampleGOdata <- new("topGOdata", ontology = "BP", allGenes = geneList, geneSel = topDiffGenes, description = "GO analysis of ALL data based on diff. expression.", annot = annFUN.db, affyLib = "hgu95av2.db") > sampleGOdata 12 Step 3: Running the desired tests #Once we ...
GSEA全称是Gene Set Enrichment Analysis,也叫基因集富集分析。其基本思想是使用预定义的基因集,将基因按照在两类样本中的差异表达程度排序,然后检验预先设定的基因集合(Gene Set)是否在这个排序表的顶端或者底端富集。 GSEA分析最关键的就是基因集(Gene Set)。这个基因集通常是人为事先进行预设及定义的,在GSEA的官网...