选中GO Term和-log10(p-value)这两列数据,利用Excel上自带的图表工具(横置柱状图)绘图,操作过程和结果如图5和图6所示。如果图中Bar(柱子)值是按照由小到大的顺序排列,为了强调比值较高的GO Term,可以将原始数据由降序改为升序,最终结果如图7所示(当然,整个图的布局和色彩也可以根据自己的喜好进行调整)。 图3 ...
Gene Ontology(GO)使用指南(内部资料)
Gene Ontology(简称GO)是基因功能国际标准分类体系。GO可分为分子功能(Molecular Function),生物过程(biological process)和细胞组成(cellular component)三个部分。GO-Analysis对差异基因等按GO分类,并对分类结果进行基于离散分布的显著性分析、误判率分析、富集度分析,得出与实验目的有显著联系的、低误判率的、靶向性的...
9. 将p值进行负对数转换,输入公式,等于-log( p value),完成后将格式转换成文本。 9. 筛选 PValue<0.05,主要看GO-term、Count、p值和FDR值。 10. 使用term 和count用graphpad画图
进入分析流程，第一步完成数据上传与初步验证后，点击界面红框指示的选项。随后，进入特定分析界面。若仅需进行GO分析，清除其他选项。接着，下载生成的文件，并使用Excel进行后续处理。对p值进行负对数转换，通过输入公式"等于-log( p value)"来实现，操作后转换格式为文本形式，去除波浪号及之前内容。在...
首先，导入DAVID数据库的文本结果到Excel，选择GO Term和p-value列（如图3所示）。计算-log10(p-value)值，然后用Excel的柱状图工具（图4到图6）绘制，确保按值的大小排列，调整柱子顺序以突出高值GO Term。GraphPad中，通过Column绘制工具（图8），选择GO Term和-log10(p-value)数据，转置后（图9...
基因本体论（Gene Ontology）是生物学领域知识体系的表示形式，由一组类（术语或概念）组成，它们之间具有关系。它从三个方面描述生物学领域的了解：分子功能（Molecular Function，MF）、细胞组分（Cellular Component，CC）和生物过程（Biological Process，BP）。分子功能是指单个基因产物（包括蛋白质和RNA）...
目录一、介绍1、分子功能(Molecular Function,MF )2、细胞组分(Cellular Component ,CC)3、生物过程(Biological Process ,BP)二、GO术语的构成1、基本要素2、可选要素三、基因本体论中的关系1、关系的描述2、节点的连接3、GO的主要关系四、GO 图(有向无环图)五、GO的动态更新介绍 网址:http://geneontology.or...
基因注释（Gene Ontology，简称GO）是一个标准化、结构化的术语系统，用于描述基因和基因产物的功能。GO旨在统一生物信息学领域中基因功能的描述，以提高数据检索的一致性和效率。通过整合多个生物信息学数据库，GO为研究者提供了一个通用的框架，用于理解基因在分子功能、生物学途径和细胞组件等不同层次上的...
Gene Ontology(GO)分析 Gene Ontology 可分为分子功能(Molecular Function ),生物过程(biological process )和细胞 组成(cellular component )三个部分。蛋白质或者基因可以通过ID 对应或者序列注释的方 法找到与之对应的GO 号,而GO 号可对于到Term,即功能类别或者细胞定位。 参考网站: 功能富集分析 功能富集需要有...