Gene Ontology, 中文名叫做基因本体论,采用GO terms描述基因产物的功能, 并且提供了不同GO terms 之间的关系。官网如下 http://geneontology.org/ GO定义的基因功能分成以下3大类别: molecular function cellular component biological process 所有GO term构成了一个有向无环图,示意图如下 每个GO是图中的一个节点,...
Ontology的结构是一个有向无环图,有点类似于分类树,不同点在于Ontology的结构中一个term可以有不止一个parent。比如 biological process term "hexose biosynthesis" 有两个parents,它们分别是"hexose metabolism"和"monosaccharide biosynthesis",这是因为生物合成是代谢的一种,而己糖又是单糖的一种。
2.2 基于关联GO term计算基因的相似性 例如基因A关联GO BP term有3个,基因B关联GO BP term有2个。基因A与B的相似性也就转换为前3个term与后2个term的整体相似性 geneSim()函数:单个基因两两间相似性 # 基因ID需与semData参数提供的基因ID类型保持一致# hsGO2 <- godata('org.Hs.eg.db', keytype =...
而 Gene Ontology (GO) 项目正是为了能够使对各种数据库中基因获基因产物功能描述相一致的努力结果。 所谓的 GO,是生物学功能注释的一个标准词汇表术语(GO term),将基因的功能分为三部分: 基因执行的分子功能(Molecular Function) 基因所处的细胞组分(Cellular Component) 基因参与的生物学过程(Biological Process) ...
首先，GO（Gene Ontology）即基因本体论，旨在创建一个动态且受控的词汇，以描述基因和蛋白质在细胞中的作用，无论生物体之间的差异。其目标是为所有真核生物提供一个共享的、动态的词汇库，即使基因和蛋白质的功能知识不断积累和变化。GO构建了三个独立本体：生物过程、分子功能和细胞成分。这一过程始于...
基因注释（Gene Ontology，简称GO）是一个标准化、结构化的术语系统，用于描述基因和基因产物的功能。GO旨在统一生物信息学领域中基因功能的描述，以提高数据检索的一致性和效率。通过整合多个生物信息学数据库，GO为研究者提供了一个通用的框架，用于理解基因在分子功能、生物学途径和细胞组件等不同层次上的...
Gene Ontology (GO)项目正是为了能够使对各种数据库中基因产物功能描述相一致的努力结果。这个项目最初是由1988年对三个模式生物数据库的整合开始:: FlyBase (果蝇数据库Drosophila),t Saccharomyces Genome Database (酵母基因组数据库SGD) and the Mouse Genome Database (小鼠基因组数据库MGD)。从那开始,GO不...
基因本体论(Gene Ontology,简称GO)是一个标准化的功能分类体系,用于描述基因和基因产物的属性。GO注释是将基因或基因产物的功能与GO术语相关联的过程。 在GO注释中,基因或基因产物的功能被归类到三个主要的本体论分支中:生物过程(Biological Process)、细胞组分(Cellular Component)和分子功能(Molecular Function)。每个...