基因本体论(Gene Ontology)包含生物学领域知识体系本质的表示形式,本体通常由一组类(或术语或概念)组成,它们之间具有关系。基因本体论(GO)从三个方面(GO domains)描述了我们对生物学领域的了解: 分子功能(Molecular Function,MF ) 单个的基因产物(包括蛋白质和RNA)或多个基因产物的复合物在分子水平上的活动,比如“...
Gene Ontology, 中文名叫做基因本体论,采用GO terms描述基因产物的功能, 并且提供了不同GO terms 之间的关系。官网如下 http://geneontology.org/ GO定义的基因功能分成以下3大类别: molecular function cellular component biological process 所有GO term构成了一个有向无环图,示意图如下 每个GO是图中的一个节点,...
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Gene Ontology中最基本的概念是term。GO里面的每一个entry都有一个唯一的数字标记,形如GO:nnnnnnn,还有一个term名,比如"cell", "fibroblast growth factor receptor binding",或者"signal transduction"。每个term都属于一个ontology,总共有三个ontology,它们分别是molecular function, cellular component和biological proce...
Gene Ontology中最基本的概念是term。GO里面的每一个entry都有一个唯一的数字标记,形如GO:nnnnnnn,还有一个term名,比如"cell", "fibroblast growth factor receptor binding",或者"signal transduction"。每个term都属于一个ontology,总共有三个ontology,它们分别是molecular function, cellular component和biological proce...
Gene Ontology, 中文名叫做基因本体论,采用GO terms描述基因产物的功能, 并且提供了不同GO terms 之间的关系。官网如下 http://geneontology.org/ GO定义的基因功能分成以下3大类别: molecular function cellular component biological process ...
相似的基因在不同物种中,其功能往往保守的。显然,需要一个统一的术语用于描述这些跨物种的同源基因及其基因产物的功能,否则,不同的实验室对相同的基因的功能的描述不同,将极大限制学术的交流。而 Gene Ontology (GO) 项目正是为了能够使对各种数据库中基因获基因产物功能描述相一致的努力结果。
Gene Ontology, 中文名叫做基因本体论,采用GO terms描述基因产物的功能, 并且提供了不同GO terms 之间的关系。官网如下 http://geneontology.org/ GO定义的基因功能分成以下3大类别: molecular function cellular component biological process 所有GO term构成了一个有向无环图,示意图如下 ...
DO,Disease Ontology 疾病本体库;与GO一样也是directed acyclic graph结构。 (2)Term 两两相似度分析方法 Information content-based methods:Resnik method、Lin method、Rel method、Jiang method Graph-based method:Wang method (3)Terms集之间相似度整合思路 ...
其实我们在文献中经常可以看到GO analysis和KEGG Pathway相关的图,只是之前没太留意。如图1和图2所示,通过观察,我们可以发现两幅图的共性:纵坐标显示为不同的通路或者生物功能,横坐标为-log10(FDR)或-log10(p-value)。其中FDR全称为False discovery rate,反映的是检验中假阳性率的概率。简单来说,FDR就是利用某种...