"gene_assignment"这一列不就有基因名称嘛,具体转换可以用perl / R / python语言等写个脚本来做。GEO
在RNA-seq或芯片数据下游分析中经常遇到需要将基因表达矩阵行名的ensembl_id ( gene_id ) 转换为gene symbol(gene_name)的情况,而在转换时经常会出现多个ensembl_id对应与一个gene symbol的情形,此时就出现了重复的gene symbol。 重复的gene symbol当然是不能作为基因表达矩阵行名的,此时就需要我们去除重复的gene ...
选择我们需要展示的列(或者称为条目),其中gene_assignment中有GeneSymbol的信息 带有GeneSymbol的分析结果 03 手动转换GeneSymbol 那在【Select Cloumns】中还是没找到有GeneSymbol的信息呢?如果有NM ID(转录本编号),像上个示例中的:NM_001193582、NM_004951等,可...
1 首先准备一个基因注释用的gtf文件可以通过 Ensembl ID转换成Gene symbol下载 2 然后准备一个txt格式的表达矩阵文件 3 python 脚本运行 import re gtf_file = "human.gtf" exp_file = "migraine_gene_expression.txt" out_file = "symbol.txt" # 读取GTF文件以建立gene_id到gene_name的映射 gene_id_to_n...
在做芯片分析时,得到了差异基因的list,但是读入GPL6244的注释文件发现gene symbol不是单独的一列,而是隐藏在gene_assignment这一列中间。怎么才能注释得到gene symbol结果? 回复1:这个你可以把 gene_assignment这一列取出来,然后使用 // 分割, 取分割以后的第1列即可。R里面limma包有个函数好像叫 strsplit2() ,你...
如果是单个,少量的Ensembl Gene ID需要转换成gene symbol ID,那么直接在ensembl网站一个一个去检索就可以得到结果。然而现实却不是如此的,一个矩阵下来就是4万行,这个数量级的ID要检索,手工当然不现实,当然不服气的可以去试试。 乔帮主说过“编程可以让一个人变得睿智”,这个观点不知道是否正确,但处理生物信息时,...
(attributes = "mgi_symbol", # 要转换符号的属性,这里基因名(第3步是基因名) filters = "mgi_symbol", #参数过滤 mart = mouse, #需要转换的基因名的种属来源,也就是第2步的mouse values = mouse.genes, #要转换的基因集 attributesL = "hgnc_symbol", #要同源转换的目标属性,这里还是转为基因名,也...
Ensembl Gene ID就是以E开头的一大长串的ID,一般从TCGA下载的数据多为这种ID,而Gene Symbol就是我们...
为了解决这个问题,人类基因组组织基因命名委员会(HGNC)对基因进行命名描述的一个缩写标识符,即平时所见到的Gene Symbol,这些Gene Symbol都是唯一的[1]。所以,平时,在适用于芯片数据和表达普数据时,第一步是将芯片数据或者表达普数据进行注释,所谓的注释,就是将各种ID转化为Gene symbol。