选择左上方的【Select columns】!选择我们需要展示的列(或者称为条目),其中gene_assignment中有GeneSymbol的信息 带有GeneSymbol的分析结果 03 手动转换GeneSymbol 那在【Select Cloumns】中还是没找到有GeneSymbol的信息呢?如果有NM ID(转录本编号),像上个示例中的...
回复1:这个你可以把 gene_assignment这一列取出来,然后使用 // 分割, 取分割以后的第1列即可。R里面limma包有个函数好像叫 strsplit2() ,你可以试试。 回复2: library(tidyverse) symbol<-str_split_fixed(annotation_file$gene_assignment,pattern = "//",3)[,2]...
"gene_assignment"这一列不就有基因名称嘛,具体转换可以用perl / R / python语言等写个脚本来做。
回复1:这个你可以把 gene_assignment这一列取出来,然后使用 // 分割, 取分割以后的第1列即可。R里面limma包有个函数好像叫 strsplit2() ,你可以试试。回复2:library(tidyverse)symbol<-str_split_fixed(annotation_file$gene_assignment,pattern = "//",3)[,2]
Gene Symbol ,是HGNC数据库为基因提供的官方名称,HGNC是人类基因命名委员会(HUGO Gene Nomenclature Committee);人类基因组命名委员会。有专门的数据库:https://www.genenames.org/。主要是按基因的功能起的名字,字母一般为英文全称的缩写,由大写字母和数字组成,如TP53基因的Official Symbol就是由HGNC所提供。
"gene_assignment"这一列不就有基因名称嘛,具体转换可以用perl / R / python语言等写个脚本来做。GEO
gene symbol 是非常官方的,由HUGO 组织负责维护,有专门的数据库HGNC database of human gene names | HUGO 以前分析数据的时候,有一些基因的symbol很奇怪,让我百思不得其解,比如: C orf 系列基因,HS.系列基…
为了解决这个问题,人类基因组组织基因命名委员会(HGNC)对基因进行命名描述的一个缩写标识符,即平时所见到的Gene Symbol,这些Gene Symbol都是唯一的[1]。 为了解决生信小白的困…
gene_symbol <- bitr(Ensembl_ID, fromType="ENSEMBL", toType=c("SYMBOL", "ENTREZID"), OrgDb="org.Hs.eg.db") # 查看转换的结果 head(gene_symbol) data=data.frame(gene_id,data[match(gene_id$ENSEMBL,data$Ensembl_ID),])#匹配到表达矩阵中 ...
接着就是将这几个文件一一比对merge,就可以得到注释的gene symbol: b <- merge(ma_fpkm,ge,by="ensembl_id",all.x=T)c<- merge(b,gs,by="gene_id",all.x=T)c=c[order(c$ensembl_id),]c=c[!duplicated(c$ensembl_id),]c=c[match(ma_fpkm$ensembl_id,c$ensembl_id),]head(c)#Pan1Pan2...