使用gdc-client 下载甲基化数据 从TCGA获取数据manifesthttps://portal.gdc.cancer.gov/ 下载gdc-client工具https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool 下载gdc-client工具 3.解压安装(路径不可有中文),然后设置环境变量,在cmd命令行进行验证。 cmd命令验证 4.测试是否有安装成功 gdc-client -h ...
files——data category☑️transcriptome profoling ——date type ☑️gene Expression qualification——experimental strategy ☑️RNA-Seq——workflow type☑️HTseq-counts manifest进行下载,储存至新建文件夹 file-选择如图: 左右分别是expdata 和clinical的样本选择截图。选好后,点击右侧manifest键下载对...
要是有gdc-client软件下载数据,需要以下三步才能完成: 1、GDC筛选检索下载需要数据的Manifest文件 TCGA改版后,下载方式变得大为不同,数据都整合在GDC(Genomic Data Commons)的DATA PORTAL中,网址: https:/…
1.http_chunk_size:这是每一次http请求的数据块大小,如果越大,等待时间越长,可能就会超时,就pa断了,所以为了保证每一次请求数据块都能顺利到达本地,就调小一点(这一步相当关键了) 2.wait_time:http请求的等待时间,如果超过这个等待时间,也会pa断了,所以这一步就可以调大一丢丢 3.retry_amount:重试次数,比如...
gdc-client,官网地址:https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool,是由 GDC 官方提供的一个可以在命令行下批量下载 TCGA 数据的客户端工具。 在gdc-client 官网可以看到 Mac、Windows 和 Ubuntu 的二进制版本下载,却唯独没看到 CentOS/RedHat 版本的!而且还给了我们一个提示说,如果你想要安装 ...
GDC的在线下载功能只适用于下载小的数据集,当需要下载数据量较大的TCGA数据时,必须借助于GDC官方提供的客户端工具gdc-client。网址如下 https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool 该软件是一个命令行工具,支持windows, linux, mac OS多种操作系统,可以通过以下两种方法来下载文件...
GDC的在线下载功能只适用于下载小的数据集,当需要下载数据量较大的TCGA数据时,必须借助于GDC官方提供的客户端工具gdc-client。网址如下 https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool 该软件是一个命令行工具,支持windows, linux, mac OS多种操作系统,可以通过以下两种方法来下载文件 ...
gdc-client,官网地址:https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool,是由 GDC 官方提供的一个可以在命令行下批量下载 TCGA 数据的客户端工具。 在gdc-client 官网可以看到 Mac、Windows和Ubuntu的二进制版本下载,却唯独没看到 CentOS/RedHat 版本的!而且还给了我们一个提示说,如果你想要安装 RedHat...
gdc-client 下载TCGA数据 最近GDC网站的API接口不太稳定,导致TCGAbiolinks 软件包无法和服务器链接,下载不了数据。遇到这种情况,只能采用GDC Data Transfer Tool(gdc-client) 下载数据了。下载方法可以参考如下: 1. 安装gdc-client 软件 该软件支持在Windows, Linux, Mac OS 等不同操作系统上运行,下载下来,安装既可...
1)下载软件地址:https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool,根据自己的操作系统下载对应的版本,这里下载windows版本。 2)将下载的软件解压,并放在一个自己好找的目录,例如我放在D:\TCGA目录,并且把上面下载的Manifest文件也放在相同的文件夹: 3、使用gdc-client下载TCGA数据 1)方法,打开windows的...