File "site-packages\gdc_client-1.5.0-py3.7.egg\gdc_client\download\parser.py", line 103, in dow nload File "site-packages\gdc_client-1.5.0-py3.7.egg\gdc_client\download\client.py", line 279, in dow nload_small_groups File "site-packages\gdc_client-1.5.0-py3.7.egg\gdc_client\downlo...
不改变cases,清空files,只勾选data category 中的clinical,和data format中的xml,同样下载manifest文件。 将两个文件都放到gdc_client所在目录,clinical文件需要自己改一下文件名避免重名,或者按自己喜欢的方式命名,只要可以区分就行。 三、下载数据 cd /path to gdc_client ./gdc-client download -m gdc_manifest....
gdc-client -h 5. 修改默认配置文件(因为默认配置很卡,下载也会中断)。将默认配置文件放到txt与exe同目录下,命名为gdc-client.dtt dtt配置文件 6. 下载数据 gdc-client.exe download --config gdc-client.dtt -m gdc_manifest.txt rong/article/details/123704826...
1. 安装gdc-client 软件 该软件支持在Windows, Linux, Mac OS 等不同操作系统上运行,下载下来,安装既可以使用,非常的方便,下载链接https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool 2. GDC网站筛选下载的数据 通过GDC 网站上筛选需要下载的数据,形成Manifest文件,将该文件下载下来。这个文件只是记录需...
要是有gdc-client软件下载数据,需要以下三步才能完成: 1、GDC筛选检索下载需要数据的Manifest文件 TCGA改版后,下载方式变得大为不同,数据都整合在GDC(Genomic Data Commons)的DATA PORTAL中,网址: https:/…
今天,只聊一下 RedHat/CentOS 下 gdc-client 安装的那些事。 gdc-client,官网地址:https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool,是由 GDC 官方提供的一个可以在命令行下批量下载 TCGA 数据的客户端工具。 在gdc-client 官网可以看到 Mac、Windows 和 Ubuntu 的二进制版本下载,却唯独没看到 Cent...
gdc-client软件安装和配置 下载软件地址:https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool,根据自己的操作系统下载对应的版本,这里下载Mac版本。 将下载的软件解压,并放在一个自己好找的目录,例如我放在了Documents/TCGA数据下载中 下载数据 在GDC官网:https://portal.gdc.cancer.gov 中找到自己所需要的...
1)下载软件地址:https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool,根据自己的操作系统下载对应的版本,这里下载windows版本。 2)将下载的软件解压,并放在一个自己好找的目录,例如我放在D:\TCGA目录,并且把上面下载的Manifest文件也放在相同的文件夹: 3、使用gdc-client下载TCGA数据 1)方法,打开windows的...
第一列为文件的uuid, 在GDC数据库中,所有的信息都用一个uuid唯一标识。利用manifest文件批量下载的用法如下 gdc-client download -m gdc_manifest_20190610_105445.txt 1. 结果下载到当前目录,每个文件保存在uuid对应的文件夹下,示意如下 ...
gdc-client,官网地址:https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool,是由 GDC 官方提供的一个可以在命令行下批量下载 TCGA 数据的客户端工具。 在gdc-client 官网可以看到 Mac、Windows和Ubuntu的二进制版本下载,却唯独没看到 CentOS/RedHat 版本的!而且还给了我们一个提示说,如果你想要安装 RedHat...